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Enregistrement W7132976823

Anionic Acyl Methyl Phosphates for the Synthesis of Hemoglobin-Based Oxygen Therapeutics

2024· dissertation· W7132976823 sur OpenAlexaff
Yu Jung Kim

Notice bibliographique

RevueTSpace · 2024
Typedissertation
Langue
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueHemoglobin structure and function
Établissements canadiensUniversity of Toronto
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésCooperativityReagentOxygenHemoglobinBlood substituteIntramolecular forceMolecule
DOInon disponible

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Hemoglobin, contained within red blood cells (RBCs), is the oxygen-carrying unit within humans. Free of the immunogenic problems associated with red blood cells, acellular hemoglobin could be the basis for a universally accepted substitute for the oxygen-carrying function of RBCs. This inspired research on a class of molecules known as hemoglobin-based oxygen carriers (HBOCs) – an area of interest in our research group. Hemoglobin, however, does not function as intended when present outside of RBCs. Decades of research in the field has now established that a viable acellular HBOC must 1) include an intramolecular cross-link to retain function and prevent renal toxicity, 2) be enlarged to prevent adverse cardiovascular effects, notably hypertension, and 3) exhibit cooperativity and physiologically-relevant oxygen affinity. Based on these requirements, our group has developed hemoglobin bis-tetramers – a candidate oxygen carrier utilizing a combination of native protein modifications and bio-orthogonal “click” chemistry. Our method boasts highly selective protein modifications, and thus high homogeneity, in the resulting product. This also makes our method highly reproducible. Other HBOCs in development are often heterogeneous mixtures of compounds, resulting in potentially inconsistent oxygenation properties. The high homogeneity of our method, however, comes at the cost of low synthetic yields. In the present work I utilize anionic acyl phosphate-based reagents to optimize the synthesis of bis-tetramers. My efforts ultimately lead to a three-fold increase in overall yields and significant additional improvements towards scalability. I begin by optimizing the current leading bis-tetramer protocol using an acyl phosphate-based acetylating agent, methyl acetyl phosphate (MAP). Noticing critical shortcomings within this method, I then developed a novel procedure using an acyl phosphate-based azide cross-linker. The cross-linker, PacXL, is the first azide-containing cross-linker to react specifically at the target cross-linking site on hemoglobin. The new protocol also utilizes the R-state conformation of hemoglobin, which is significantly more advantageous towards scale-up compared with the previously used T-state conformation. Outside the context of bis-tetramers, my results also establish acyl phosphates as highly selective reagents for cationic sites and potentiates their broad application towards targeting proteins exhibiting strong cationic character.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,009

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,001
Science ouverte0,0000,001
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,002

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,318
Écart entre enseignants0,302 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2024
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