Diversity, Relative Abundance, and Functional Potential of Viral and Bacterial Communities
Notice bibliographique
Résumé
Viral and bacterial communities in Hamilton Harbour were explored to discern seasonal and spatial changes in diversity, relative abundance, and functional potentials. The following chapters describe findings derived from metagenomic sequencing and analysis of environmental DNA using a variety of techniques. In the study outlined in Chapter 2, virus diversity and relative abundances were found to be highly variable over small spatial scales. Virophages were often the most abundant group, and discrete virophage taxa were stable despite fluctuations in Mimiviridae community composition. Diverse and distinct Mimiviridae populations were detected, suggesting that Mimiviridae are important algal viruses. The results from Chapter 3 demonstrated that several insights into virus diversity, relative abundances, and host inferences are lost by the common practice of filtering water samples to separate viruses from cells prior to DNA extraction and sequencing. Many viruses of eukaryotes, such as Mimiviridae, Phycodnaviridae, Iridoviridae and Poxviridae, were detected exclusively in the often-disregarded larger size fractions, while higher Caudovirales diversity was captured by the smaller size fractions. Cyanophages were more abundant in the larger size fractions, which may indicate replication within cells during ongoing infections. Analysis of either size fraction alone provides only a partial perspective of dsDNA viruses in the environment, highlighting the need for more comprehensive approaches for metagenomic analyses of aquatic viruses. Unlike the virus communities, the results from Chapter 4 revealed that bacterial communities were similar at different sites within the harbour and demonstrated strong seasonality regarding taxonomy and functional potentials. Some functional categories were highly variable while others were stable, suggesting the presence of generalist gene categories that are always essential versus specialist gene categories that fluctuate based on selective pressures. The results presented in this thesis expand the documented diversity of freshwater viruses and abundant Cyanobacteria in Hamilton Harbour, providing the first observations of highly abundant and potentially ecological important virophage, Mimiviridae, and Limnoraphis robusta populations. Ultimately, this work revealed seasonal and spatial dynamics in microbial community diversity, relative abundances, and functional potentials that can be used to inform ongoing monitoring and remediation efforts in Hamilton Harbour and likely apply broadly to other temperate freshwater lakes.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».