Isolation of Carbapenemase Producing Enterobacteriaceae in the Greater Toronto Area's Sewage Treatment Plants and Surface Waters, and their Comparison to Clinical CPE from Toronto
Notice bibliographique
Résumé
The presence and significance of Carbapenemase-producing Enterobacteriaceae (CPE) in Toronto's water system remains elusive. We sampled sewage from 5 sewage treatment plants and 7 surface water (SW) locations. Overall, 57/103 sewage specimens yielded 172 unique CPE and 2/7 SW locations yielded 8 CPE. Klebsiella oxytoca was the most common organism(31.9%) and blaKPC was the most common gene(88.4%) identified. blaKPC, blaOXA-48-like, and blaVIM genes were more frequently detected by raw sewage PCR method than filter sweep PCR, or culture method. In contrast, blaNDM genes were detected in approximately equal numbers of specimens by each method. Two Enterobacter cloacae blaVIM water isolates were clonally related to human isolates. K. oxytoca blaKPC clinical and sewage isolates were not clonally related; however, 3 sewage and 3 clinical isolates shared the same plasmid size and incompatibility group(IncFIIA). CPE are present in Torontoâ s sewage and SW, and some isolates are found in both water and humans.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».