Réponse des Sciences : Mise à jour de l’abondance des populations d’éperlans arc-enciel du lac Utopia et analyses génétiques
Notice bibliographique
Résumé
Le lac Utopia fait partie du bassin versant de la rivière Magaguadavic, dans le sud-ouest du Nouveau-Brunswick. L’éperlan arc-en-ciel du lac Utopia (Osmerus mordax) représente l’un des trois seuls cas confirmés de coexistence de populations d’éperlans génétiquement distinctes au Canada. Deux populations d’éperlans coexistent dans le lac Utopia, une population d’individus de petite taille et une population d’individus de grande taille. La population d’individus de petite taille est protégée en vertu de la Loi sur les espèces en péril (LEP) depuis 2003. Le Comité sur la situation des espèces en péril au Canada (COSEPAC 2008) a évalué la population d’individus de grande taille et l’a désignée « menacée », car elle fait partie d’une paire sympatrique, elle est endémique à un seul lac dont l’indice de zone d’occupation est petit (6 km2), elle ne fraye que dans trois petits ruisseaux et elle pourrait rapidement disparaître à la suite d’une dégradation des ruisseaux de fraie en raison d’une augmentation du développement sur les rives du lac et des impacts de la pêche à l’épuisette. Les menaces possibles cernées par le COSEPAC (2008) étaient l’introduction d’espèces exotiques et l’eutrophisation accrue. Pêches et Océans Canada (MPO) a réalisé une évaluation du potentiel de rétablissement (EPR) pour les populations d’éperlans arc-en-ciel de grande taille et de petite taille en 2010 (MPO 2011). Le COSEPAC a réévalué ces deux populations et les a désignées « en voie de disparition » en 2018. La population d’individus de petite taille a été inscrite sur la liste des espèces en voie de disparition de la LEP en 2019. On a échantillonné les remontes d’individus de petite taille de 2014 et de 2017 pour estimer l’abondance de la population et produire un avis sur un objectif approprié selon la taille de la population, ainsi que sur la probabilité que cet objectif puisse être atteint compte tenu des niveaux de mortalité actuels (MPO 2018). Cependant, les estimations de l’abondance pour les remontes de 2014 et de 2017 étaient incertaines, car les analyses génétiques de 2014 indiquaient un manque de concordance entre le génotype prévu et la longueur à la fourche minimale utilisée pour différencier les reproducteurs de la population d’individus de petite taille de ceux de la population d’individus de grande taille. Aucune analyse génétique n’était disponible pour la remonte de 2017. Les analyses génétiques récentes de la remonte d’individus de grande taille de 2017, ainsi que l’échantillonnage des tissus des reproducteurs de petite taille en 2017 et en 2018, offrent l’occasion de revoir la longueur à la fourche minimale qui peut être utilisée pour différencier les deux populations sur le plan des phénotypes. Voici les objectifs du présent processus de réponse des Sciences. Fournir une estimation actualisée de l’abondance de la population d’éperlans arc-en-ciel de grande taille du lac Utopia d’après les échantillonnages réalisés en 2014 et 2017 et l’analyse génétique entreprise en 2019 sur ces échantillons. Passer en revue le critère de longueur à la fourche minimale recommandé pour distinguer la population d’éperlans arc-en-ciel de grande taille du lac Utopia de la population d’éperlans arc-en-ciel de petite taille du lac Utopia. Discuter de l’influence des analyses génétiques et des estimations actualisées de l’abondance sur la probabilité d’atteindre l’objectif d’abondance mis à jour pour la population d’éperlans arc-en-ciel de grande taille du lac Utopia, compte tenu des niveaux de mortalité actuels (les niveaux de mortalité réels ne sont pas connus). La présente réponse des Sciences découle du processus régional de réponse des Sciences du 19 novembre 2019 et le 20 janvier 2020 qui portait sur la population d’éperlans arc-en-ciel de grande taille du lac Utopia – Estimation de l’abondance et des dommages admissibles.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,004 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,004 |
| Études des sciences et des technologies | 0,003 | 0,003 |
| Communication savante | 0,004 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,004 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».