Characterization of sulfer metabolizing microbes in a cold saline microbial mat of the Canadian High Artic
Notice bibliographique
Résumé
Le système de source de Gypsum Hill (GH) est situé sur l'île d'Axel Heiberg dans le Haut-Arctique, et évacue perpétuellement de l'eau hypersaline, froide et riche en composés soufrés. Les tapis microbiens se trouvent à côté des canaux de source GH. Cette thèse est la première analyse détaillée des tapis microbiens de source Gypsum Hill et leur diversité microbienne. Des analyses physico-chimiques de l'eau saturant le tapis microbiens de source GH montrent que durant l'été il est froid (9 ° C), hypersalin (5,6%), et contient du sulfure (0-10 ppm) et du thiosulfate (> 50 ppm). Des analyses en pyroséquençage ont été effectuées sur les transcriptions ARNr 16S (c.-à-ADNc) et sur des gènes (c.-à-ADN) pour enquêter sur la composition des communautés du tapis, de sa diversité, et des membres présumés actifs. Afin d'étudier la communauté réductrice de sulfate en détail, le gène de la réductase sulfite et sa transcription ont également été séquencés. Enfin, des cultures d'enrichissement pour les bactéries réductrices de soufre/sulfate ont été mises en place et suivies pour la production de sulfure à des températures froides. Dans l'ensemble, le métabolisme du soufre s'est trouvé être un élément important du système de tapis microbien GH, en particulier la fraction active, étant donne que 49% de l'ADN et de 77% de l'ADNc de banques bactériennes de gènes ARNr 16S ont été classés comme étant un taxon capable de la réduction ou l'oxydation des composés de soufre. Les principaux éléments des banques bactériennes sont Gamma-, Epsilon, et Deltaproteobacteria, Flavobacteriia et Actinobacteria. La communauté de tapis microbien GH semble être fortement influencée par les micro-organismes présents en amont de sédiments des sources GH. Des enquêtes fermées d'espèces d'archées et des bactéries réductrices de sulfate dans le tapis microbien ont révélé la présence d'embranchements énigmatique pour laquelle aucun représentant n'a encore été isolé. En plus de bactéries sulfato-réductrices, une variété de bactéries réductrices de soufre élémentaire ont été détectés à partir du tapis microbien GH, y compris Desulfuromusa, Desulfuromonas, et Sulfurospirillum. Aussi, des cultures enrichies avec soit du soufre élémentaire, thiosulfate, ou du sulfate, et inoculé avec les sédiments provenant des sédiments des sources sulfurées d'Axel Heiberg montrent généralement du sulfure à basse température (5 ° C et 10 ° C), ce qui indique que de nombreux différents composés soufrés peuvent être métabolisés à l'intérieur des ressorts.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».