Detection of drug resistance in the sheep nematode «haemonchus contortus»
Notice bibliographique
Résumé
Les petits ruminants sont naturellement infectés par les nématodes gastro-intestinaux lorsqu’ils broutent au pâturage. Haemonchus contortus contamine la caillette de mouton. Il s'agit d'un nématode qui se nourrit du sang de son hôte et provoque des pertes considérables dans les industries ovines. Les agriculteurs ont utilisé des médicaments anthelminthiques pendant de nombreuses années pour éliminer l'infection parasitaire et cette utilisation intensive a conduit au phénomène de résistance aux médicaments chez les nématodes. La résistance aux benzimidazoles, à l'ivermectine ou au lévamisole ont été signalées dans la majorité des régions où H. contortus est présent. La résistance aux médicaments représente une menace réelle dans les industries ovines. Le mécanisme de résistance aux benzimidazoles a été décrit au niveau moléculaire et implique trois mutations génétiques sur le gène de la β-tubuline isotype 1 aux codons 167, 198 ou 200. Pour comprendre comment ces mutations fonctionnent, nous avons génotypé des H. contortus adultes, individuellement, qui ont survécu à des doses croissantes de benzimidazole. L'allèle résistant au codon 200 a été observé chez des parasites qui ont survécu à la dose normale du médicament et à la plus élevée. Nous avons proposé de détecter la résistance aux benzimidazoles avec les profils génétiques des œufs d’H. contortus. Pour être certain de l'intérêt et de la pertinence du test génétique, il est nécessaire de prouver qu'il donne des résultats semblables aux les tests habituellement utilisés et qu'il présente des avantages par rapport aux autres tests. A cet effet, deux études de terrain ont eu lieu: la première étude fut le fruit d'une collaboration avec le Dr Andrew Peregrine Université de Guelph (Ontario, Canada) et la seconde étude a eu lieu au Québec. La résistance aux benzimidazoles a été observée en Ontario et au Québec pour le parasite H. contortus. Nous avons conclu que le test génétique donne des résultats similaires au Fecal Egg Count Reduction Test mais il est plus rapide, moins coûteux et plus précis et il peut détecter la résistance dans un ensemble d'œufs collectés dans des échantillons fécaux. Ce test peut être appliqué avant traitement et l'efficacité du médicament peut être connue avant de vermifuger le troupeau ce qui représente une économie considérable d'argent et de temps. Le succès que nous avions rencontré avec le test génétique pour détecter la résistance au benzimidazole nous a conduits à rechercher des marqueurs génétiques similaires sur le génome d’H. contortus pour la résistance à l'ivermectine. Le gène Hco-avr-14b code pour une sous unité d'un canal chlorique glutamate dépendant. Les régions codantes et non codantes de ce gène ont été analysées dans des isolats de terrain d’H. contortus afin de mettre en évidence une (des) mutation(s) liée à résistance à l'ivermectine. Ces isolats présentaient des réponses différentes aux traitements à l'ivermectine. Nous n'avons pas réussi à proposer un (des) marqueur(s) de résistance à l'ivermectine sur le gène Hco-avr-14b. Des études ont proposé une relation entre la résistance au lévamisole et le gène Hco-acr-8 qui code pour une sous-unité de récepteur d'acétylcholine sensible au lévamisole chez H. contortus. Ce gène a été analysé dans des isolats de terrain d’H. contortus. Ces isolats présentaient des réponses différentes au lévamisole. Plusieurs caractéristiques intéressantes ont été mises en évidence. Un (des) marqueur(s) pour détecter la résistance au lévamisole n'a (ont) pas été trouvé(s) sur ce gène Hco-acr-8.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».