Detection of drug resistance in the sheep nematode «haemonchus contortus»
Bibliographic record
Abstract
Les petits ruminants sont naturellement infectés par les nématodes gastro-intestinaux lorsqu’ils broutent au pâturage. Haemonchus contortus contamine la caillette de mouton. Il s'agit d'un nématode qui se nourrit du sang de son hôte et provoque des pertes considérables dans les industries ovines. Les agriculteurs ont utilisé des médicaments anthelminthiques pendant de nombreuses années pour éliminer l'infection parasitaire et cette utilisation intensive a conduit au phénomène de résistance aux médicaments chez les nématodes. La résistance aux benzimidazoles, à l'ivermectine ou au lévamisole ont été signalées dans la majorité des régions où H. contortus est présent. La résistance aux médicaments représente une menace réelle dans les industries ovines. Le mécanisme de résistance aux benzimidazoles a été décrit au niveau moléculaire et implique trois mutations génétiques sur le gène de la β-tubuline isotype 1 aux codons 167, 198 ou 200. Pour comprendre comment ces mutations fonctionnent, nous avons génotypé des H. contortus adultes, individuellement, qui ont survécu à des doses croissantes de benzimidazole. L'allèle résistant au codon 200 a été observé chez des parasites qui ont survécu à la dose normale du médicament et à la plus élevée. Nous avons proposé de détecter la résistance aux benzimidazoles avec les profils génétiques des œufs d’H. contortus. Pour être certain de l'intérêt et de la pertinence du test génétique, il est nécessaire de prouver qu'il donne des résultats semblables aux les tests habituellement utilisés et qu'il présente des avantages par rapport aux autres tests. A cet effet, deux études de terrain ont eu lieu: la première étude fut le fruit d'une collaboration avec le Dr Andrew Peregrine Université de Guelph (Ontario, Canada) et la seconde étude a eu lieu au Québec. La résistance aux benzimidazoles a été observée en Ontario et au Québec pour le parasite H. contortus. Nous avons conclu que le test génétique donne des résultats similaires au Fecal Egg Count Reduction Test mais il est plus rapide, moins coûteux et plus précis et il peut détecter la résistance dans un ensemble d'œufs collectés dans des échantillons fécaux. Ce test peut être appliqué avant traitement et l'efficacité du médicament peut être connue avant de vermifuger le troupeau ce qui représente une économie considérable d'argent et de temps. Le succès que nous avions rencontré avec le test génétique pour détecter la résistance au benzimidazole nous a conduits à rechercher des marqueurs génétiques similaires sur le génome d’H. contortus pour la résistance à l'ivermectine. Le gène Hco-avr-14b code pour une sous unité d'un canal chlorique glutamate dépendant. Les régions codantes et non codantes de ce gène ont été analysées dans des isolats de terrain d’H. contortus afin de mettre en évidence une (des) mutation(s) liée à résistance à l'ivermectine. Ces isolats présentaient des réponses différentes aux traitements à l'ivermectine. Nous n'avons pas réussi à proposer un (des) marqueur(s) de résistance à l'ivermectine sur le gène Hco-avr-14b. Des études ont proposé une relation entre la résistance au lévamisole et le gène Hco-acr-8 qui code pour une sous-unité de récepteur d'acétylcholine sensible au lévamisole chez H. contortus. Ce gène a été analysé dans des isolats de terrain d’H. contortus. Ces isolats présentaient des réponses différentes au lévamisole. Plusieurs caractéristiques intéressantes ont été mises en évidence. Un (des) marqueur(s) pour détecter la résistance au lévamisole n'a (ont) pas été trouvé(s) sur ce gène Hco-acr-8.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame distilled prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.
Codex and Gemma teacher scores by category
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one teacher head, not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".