Contributions of recurrent BRCA1 mutations to ovarian cancer cases in the French Canadian population of Quebec, and characterization of BRCA1-associated genomic anomalies
Notice bibliographique
Résumé
Déterminer la fréquence des porteuses d’une mutation du gène BRCA1 et les voies de signalisation moléculaires impliquées dans le cancer de l’ovaire (CO) est important puisqu’il a été proposé que ces patientes pourraient bénéficier de nouvelles chimiothérapies, telles que les inhibiteurs de PARP (Poly (ADP-ribose) polymerase 1). Dans le présent projet, nous rapportons la fréquence des mutations de BRCA1 récurrentes chez les cas de CO de la population Canadienne-Française (CF) qui présente des effets fondateurs. Nous avons également décrit les anomalies génomiques retrouvées chez les porteuses de mutations atteintes de CO. Le dépistage des mutations, utilisant des méthodes basées sur le PCR et/ou une technologie multiplex avec des billes couplées à des anticorps (Luminex), fut effectué uniquement sur les cas de cancers séreux ovariens de haut-grade (CSHG). Environ 5,7% (32/ 562) des cas positifs pour les mutations BRCA1 ont été identifiés dans une analyse limitée aux deux mutations les plus fréquentes trouvées dans la population CF. Nous avons identifié 10,7 % des porteurs à l’aide d’un dépistage plus global incluant 11 allèles, chez une sous-cohorte définie de 121 des 562 cas évalués sur une période de trois ans dans un hôpital de Montréal. L'analyse des tumeurs positives pour les mutations par la technologie SNP BeadArray (Illumina) a montré une fréquence élevée des anomalies chromosomiques impliquant des variations du nombre de copies (CNV), la perte d'hétérozygotie (LOH) et des réarrangements intrachromosomiques complexes qui chevauchent les anomalies génomiques observées dans les CSHG de la population CF, tel qu’observé précédemment par notre groupe et d'autres, ainsi que des patrons génomiques uniques chez les porteuses de mutations . Ces résultats ont (1) confirmé la répétition de mutations spécifiques trouvées précédemment dans les familles CF atteintes de cancer, (2) permis de mieux définir la fréquence de porteuses de mutations de BRCA1 dans les cas de cancer épithélial de l’ovaire et (3) décrit les patrons génomiques dans ces porteuses de mutations. Ces résultats vont permettre de mieux justifier les tests génétiques pour les patientes atteintes du CO, dans cette population démographiquement définie, afin d'améliorer leur prise en charge et aussi de réduire le risque de cancer de l'ovaire pour les membres de leurs familles qui sont porteuses de ces mutations.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».