Contributions of recurrent BRCA1 mutations to ovarian cancer cases in the French Canadian population of Quebec, and characterization of BRCA1-associated genomic anomalies
Bibliographic record
Abstract
Déterminer la fréquence des porteuses d’une mutation du gène BRCA1 et les voies de signalisation moléculaires impliquées dans le cancer de l’ovaire (CO) est important puisqu’il a été proposé que ces patientes pourraient bénéficier de nouvelles chimiothérapies, telles que les inhibiteurs de PARP (Poly (ADP-ribose) polymerase 1). Dans le présent projet, nous rapportons la fréquence des mutations de BRCA1 récurrentes chez les cas de CO de la population Canadienne-Française (CF) qui présente des effets fondateurs. Nous avons également décrit les anomalies génomiques retrouvées chez les porteuses de mutations atteintes de CO. Le dépistage des mutations, utilisant des méthodes basées sur le PCR et/ou une technologie multiplex avec des billes couplées à des anticorps (Luminex), fut effectué uniquement sur les cas de cancers séreux ovariens de haut-grade (CSHG). Environ 5,7% (32/ 562) des cas positifs pour les mutations BRCA1 ont été identifiés dans une analyse limitée aux deux mutations les plus fréquentes trouvées dans la population CF. Nous avons identifié 10,7 % des porteurs à l’aide d’un dépistage plus global incluant 11 allèles, chez une sous-cohorte définie de 121 des 562 cas évalués sur une période de trois ans dans un hôpital de Montréal. L'analyse des tumeurs positives pour les mutations par la technologie SNP BeadArray (Illumina) a montré une fréquence élevée des anomalies chromosomiques impliquant des variations du nombre de copies (CNV), la perte d'hétérozygotie (LOH) et des réarrangements intrachromosomiques complexes qui chevauchent les anomalies génomiques observées dans les CSHG de la population CF, tel qu’observé précédemment par notre groupe et d'autres, ainsi que des patrons génomiques uniques chez les porteuses de mutations . Ces résultats ont (1) confirmé la répétition de mutations spécifiques trouvées précédemment dans les familles CF atteintes de cancer, (2) permis de mieux définir la fréquence de porteuses de mutations de BRCA1 dans les cas de cancer épithélial de l’ovaire et (3) décrit les patrons génomiques dans ces porteuses de mutations. Ces résultats vont permettre de mieux justifier les tests génétiques pour les patientes atteintes du CO, dans cette population démographiquement définie, afin d'améliorer leur prise en charge et aussi de réduire le risque de cancer de l'ovaire pour les membres de leurs familles qui sont porteuses de ces mutations.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.002 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.002 | 0.002 |
| Science and technology studies | 0.002 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.001 | 0.000 |
| Research integrity | 0.001 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.003 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".