Positive correlation between cellular levels of storage compounds and RNA in activated sludge bacteria
Notice bibliographique
Résumé
Pour mettre en œuvre des solutions rationnelles aux problèmes de la séparation des solides tels que la prolifération de bactéries filamenteuses causant le foisonnement et le moussage et afin de concevoir rationnellement de nouveaux procédés pour la production de produits à valeur ajoutée, il est nécessaire de comprendre les fonctions écologiques et la dynamique des populations de bactéries hétérotrophes qui résident dans les installations de traitement des eaux usées par boues activées. Bien que la caractérisation phylogénétique (baseée sur l'ADN et l'ARN) de ces communautés microbiennes ait démontré leur grande diversité, les liens entre les populations hétérotrophes et des niches fonctionnelles spécifiques sont encore ténus. Parce que les niveaux d'ARN sont liés aux taux de croissance et que les composés de stockage sont accumulés en réponse à des dynamiques de croissance spécifiques, l'abondance de ces constituants cellulaires peut servir de marqueurs biologiques fonctionnels. Une méthode de cytométrie en flux a été développée pour les mesurer sur une base cellule par cellule en utilisant des colorants fluorescents : RNASelect pour l'ARN, le rouge du nil pour les polyhydroxyalcanoates (PHA) et le 7-AAD pour l'ADN. La méthode a été validée contre cinq souches représentant un large éventail de diversité bactérienne : Escherichia coli K-12, Rhodococcus jostii RHA1, Bacillus subtilis, Cupriavidus necator DSM428 and DSM 541 (une souche mutante de DSM428 incapable d'accumuler des PHA). La comparaison des ratios ARN/ADN déterminés par cytométrie en flux et par extraction d'acide nucléique entre ces souches a démontré une corrélation générale acceptable.La méthode a ensuite été utilisée pour étudier les échantillons obtenus à partir de trois réacteurs par boues activées indépendants situés dans une usine de traitement des eaux usées près de Montréal : un réacteur à pleine échelle, un réacteur à l'échelle pilote utilisant de l'ozone pour réduire la production de boues, et un réacteur de contrôle à l'échelle pilote. Dans tous les cas, on a constaté qu'un niveau élevé des ratios des signaux fluorescents d'ARN/ADN était corrélé avec des signaux élevés de fluorescence associée au PHA. Par ailleurs, lorsque les signaux associés au PHA de la biomasse échantillonnée à partir des réacteurs à l'échelle pilote ont été comparés, on a constaté que le signal PHA était plus élevé pour les échantillons du réacteur traité à l'ozone. L'augmentation du PHA résulte probablement de la production de substrats supplémentaires facilement dégradables par le traitement par ozone des boues. Nous suggérons que cette corrélation entre les ratios d'ARN/ADN et l'abondance de PHA représente une caractérisation fonctionnelle des hétérotrophes. Les populations consommant des substrats facilement dégradables auraient un ratio ARN/ADN élevé et elles accumulent des composés de stockage, tandis que ce serait l'inverse pour les populations consommant des substrats lentement dégradables.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».