Positive correlation between cellular levels of storage compounds and RNA in activated sludge bacteria
Bibliographic record
Abstract
Pour mettre en œuvre des solutions rationnelles aux problèmes de la séparation des solides tels que la prolifération de bactéries filamenteuses causant le foisonnement et le moussage et afin de concevoir rationnellement de nouveaux procédés pour la production de produits à valeur ajoutée, il est nécessaire de comprendre les fonctions écologiques et la dynamique des populations de bactéries hétérotrophes qui résident dans les installations de traitement des eaux usées par boues activées. Bien que la caractérisation phylogénétique (baseée sur l'ADN et l'ARN) de ces communautés microbiennes ait démontré leur grande diversité, les liens entre les populations hétérotrophes et des niches fonctionnelles spécifiques sont encore ténus. Parce que les niveaux d'ARN sont liés aux taux de croissance et que les composés de stockage sont accumulés en réponse à des dynamiques de croissance spécifiques, l'abondance de ces constituants cellulaires peut servir de marqueurs biologiques fonctionnels. Une méthode de cytométrie en flux a été développée pour les mesurer sur une base cellule par cellule en utilisant des colorants fluorescents : RNASelect pour l'ARN, le rouge du nil pour les polyhydroxyalcanoates (PHA) et le 7-AAD pour l'ADN. La méthode a été validée contre cinq souches représentant un large éventail de diversité bactérienne : Escherichia coli K-12, Rhodococcus jostii RHA1, Bacillus subtilis, Cupriavidus necator DSM428 and DSM 541 (une souche mutante de DSM428 incapable d'accumuler des PHA). La comparaison des ratios ARN/ADN déterminés par cytométrie en flux et par extraction d'acide nucléique entre ces souches a démontré une corrélation générale acceptable.La méthode a ensuite été utilisée pour étudier les échantillons obtenus à partir de trois réacteurs par boues activées indépendants situés dans une usine de traitement des eaux usées près de Montréal : un réacteur à pleine échelle, un réacteur à l'échelle pilote utilisant de l'ozone pour réduire la production de boues, et un réacteur de contrôle à l'échelle pilote. Dans tous les cas, on a constaté qu'un niveau élevé des ratios des signaux fluorescents d'ARN/ADN était corrélé avec des signaux élevés de fluorescence associée au PHA. Par ailleurs, lorsque les signaux associés au PHA de la biomasse échantillonnée à partir des réacteurs à l'échelle pilote ont été comparés, on a constaté que le signal PHA était plus élevé pour les échantillons du réacteur traité à l'ozone. L'augmentation du PHA résulte probablement de la production de substrats supplémentaires facilement dégradables par le traitement par ozone des boues. Nous suggérons que cette corrélation entre les ratios d'ARN/ADN et l'abondance de PHA représente une caractérisation fonctionnelle des hétérotrophes. Les populations consommant des substrats facilement dégradables auraient un ratio ARN/ADN élevé et elles accumulent des composés de stockage, tandis que ce serait l'inverse pour les populations consommant des substrats lentement dégradables.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".