Polyetic development of the obligate biotrophic plant pathogen «Peronospora destructor»
Notice bibliographique
Résumé
RésuméLe mildiou de l'oignon, causé par Peronospora destructor, est une menace sérieuse pour les producteurs d'oignons du monde entier. Dans le sud-ouest du Québec (Canada) une augmentation régulière de l'occurrence des épidémies de mildiou est observée depuis le milieu des années 2000, atteignant 33% des champs d'oignons touchés en 2014. Plusieurs espèces de Peronospora sont transportées par le vent sur de courtes et longues distances, des climats chauds où elles survivent sur des plantes vivantes vers des climats plus frais. Dans l'est du Canada, on pensait que ce flux annuel de sporanges était la principale source de P. destructor. Cependant, il produit également des oospores capables de survivre à long terme. Dans cette thèse, l'hypothèse est que l'impact des changements climatiques dans le sud-ouest du Québec, avec des températures plus chaudes à l'automne et des hivers plus doux, favorise la survie de l'inoculum hivernant. Le premier sous-objectif visait à étudier les variations dans l'incidence et l’apparition des épidémies de P. destructor et à identifier les variables météorologiques qui influencent son développement polyétique (c'est-à-dire sur plusieurs saisons) et ce en utilisant des données couvrant une période de 31 années. Les résultats de cette analyse ont montré que la date de la première observation et les temps pour atteindre 10 % et 50% de l’épidémie étaient, en moyenne, 30.4, 15.1 et 11.3 jours plus tôt en 2007-2017 qu'en 1987-1996. En utilisant un sous-ensemble suffisant de cinq variables discriminantes, c'est-à-dire la température et la pluviométrie à la récolte l'automne précédent, la rigueur de l’hiver, le rayonnement solaire et l'incidence de la maladie l'année précédente, il a été possible de classer 93.5 % des épidémies d’ODM dans la période à laquelle elles appartiennent, ce qui suggère que les changements dans l'épidémiologie de P. destructor peuvent être liés à des variables associées à l'hivernage.Par la suite, un test moléculaire spécifique et sensible basé sur une sonde TaqMan multiplexée à un contrôle interne a été développé sur la région ITS pour quantifier l'inoculum de P. destructor dans le sol et dans l'air. La spécificité du test a été testée contre 17 isolats de P. destructor, d'autres Peronosporales et divers pathogènes de l'oignon. La validation avec des échantillons d’air et de sol inoculés artificiellement a suggéré une sensibilité de de 1 sporange m-3 d'air et de moins de 10 sporanges g-1 de sol sec. Dans les sols naturellement infestés, l'inoculum variait de 0 à 162 équivalents sporanges g-1 de sol sec, ce qui renforce l'hypothèse de la survie à l’hiver. Le troisième sous-objectif visait l’étude de la structure des populations de P. destructor du sud-ouest de Montréal, en utilisant le génotypage par séquençage. Les données étaient caractérisées par un niveau élevé de déséquilibre de liaison, typique des organismes clonaux. L'hypothèse nulle de reproduction aléatoire a été rejetée lorsqu'elle a été testée sur des populations prédéfinies ou non, indiquant que le déséquilibre de liaison n'était pas une fonction de la structure de la population et suggérant un mode de reproduction mixte. L'analyse discriminante des composantes principales a permis de regrouper les isolats de P. destructor par régions géographiques, tandis que l’analyse de variance moléculaire a confirmé que cette différenciation génétique était significative au niveau régional. Ces résultats suggèrent que la diversité dans le sud du Québec est essentiellement due à des mutations locales conduisant à une lente divergence des populations dans le temps et l'espace. Ensemble, ces résultats démontrent que l'impact du changement climatique dans le sud-ouest du Québec, avec des températures plus chaudes à l'automne et des hivers plus doux, a favorisé la survie de l'inoculum hivernant, modifiant ainsi l'écologie de P. destructor et donc l'épidémiologie du mildiou de l'oignon
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».