Polyetic development of the obligate biotrophic plant pathogen «Peronospora destructor»
Bibliographic record
Abstract
RésuméLe mildiou de l'oignon, causé par Peronospora destructor, est une menace sérieuse pour les producteurs d'oignons du monde entier. Dans le sud-ouest du Québec (Canada) une augmentation régulière de l'occurrence des épidémies de mildiou est observée depuis le milieu des années 2000, atteignant 33% des champs d'oignons touchés en 2014. Plusieurs espèces de Peronospora sont transportées par le vent sur de courtes et longues distances, des climats chauds où elles survivent sur des plantes vivantes vers des climats plus frais. Dans l'est du Canada, on pensait que ce flux annuel de sporanges était la principale source de P. destructor. Cependant, il produit également des oospores capables de survivre à long terme. Dans cette thèse, l'hypothèse est que l'impact des changements climatiques dans le sud-ouest du Québec, avec des températures plus chaudes à l'automne et des hivers plus doux, favorise la survie de l'inoculum hivernant. Le premier sous-objectif visait à étudier les variations dans l'incidence et l’apparition des épidémies de P. destructor et à identifier les variables météorologiques qui influencent son développement polyétique (c'est-à-dire sur plusieurs saisons) et ce en utilisant des données couvrant une période de 31 années. Les résultats de cette analyse ont montré que la date de la première observation et les temps pour atteindre 10 % et 50% de l’épidémie étaient, en moyenne, 30.4, 15.1 et 11.3 jours plus tôt en 2007-2017 qu'en 1987-1996. En utilisant un sous-ensemble suffisant de cinq variables discriminantes, c'est-à-dire la température et la pluviométrie à la récolte l'automne précédent, la rigueur de l’hiver, le rayonnement solaire et l'incidence de la maladie l'année précédente, il a été possible de classer 93.5 % des épidémies d’ODM dans la période à laquelle elles appartiennent, ce qui suggère que les changements dans l'épidémiologie de P. destructor peuvent être liés à des variables associées à l'hivernage.Par la suite, un test moléculaire spécifique et sensible basé sur une sonde TaqMan multiplexée à un contrôle interne a été développé sur la région ITS pour quantifier l'inoculum de P. destructor dans le sol et dans l'air. La spécificité du test a été testée contre 17 isolats de P. destructor, d'autres Peronosporales et divers pathogènes de l'oignon. La validation avec des échantillons d’air et de sol inoculés artificiellement a suggéré une sensibilité de de 1 sporange m-3 d'air et de moins de 10 sporanges g-1 de sol sec. Dans les sols naturellement infestés, l'inoculum variait de 0 à 162 équivalents sporanges g-1 de sol sec, ce qui renforce l'hypothèse de la survie à l’hiver. Le troisième sous-objectif visait l’étude de la structure des populations de P. destructor du sud-ouest de Montréal, en utilisant le génotypage par séquençage. Les données étaient caractérisées par un niveau élevé de déséquilibre de liaison, typique des organismes clonaux. L'hypothèse nulle de reproduction aléatoire a été rejetée lorsqu'elle a été testée sur des populations prédéfinies ou non, indiquant que le déséquilibre de liaison n'était pas une fonction de la structure de la population et suggérant un mode de reproduction mixte. L'analyse discriminante des composantes principales a permis de regrouper les isolats de P. destructor par régions géographiques, tandis que l’analyse de variance moléculaire a confirmé que cette différenciation génétique était significative au niveau régional. Ces résultats suggèrent que la diversité dans le sud du Québec est essentiellement due à des mutations locales conduisant à une lente divergence des populations dans le temps et l'espace. Ensemble, ces résultats démontrent que l'impact du changement climatique dans le sud-ouest du Québec, avec des températures plus chaudes à l'automne et des hivers plus doux, a favorisé la survie de l'inoculum hivernant, modifiant ainsi l'écologie de P. destructor et donc l'épidémiologie du mildiou de l'oignon
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".