A molecular genetic investigation of FANCI as a new candidate ovarian cancer predisposing gene
Notice bibliographique
Résumé
Les porteuses hétérozygotes de variants induisant une perte de fonction (pathogéniques) de BRCA1 ou BRCA2 ont un risque absolu de cancer de l'ovaire estimé entre 13 et 58 %, particulièrement pour le carcinome séreux de l'ovaire de haut grade, le sous-type le plus courant. Puisque tous les cas familiaux de cancer de l'ovaire ne sont pas attribuables à des variants germinaux pathogéniques de gènes de prédisposition connus, nous avons effectué une analyse par séquençage de l'exome entier d'une famille de cancers de l'ovaire d’ascendance canadienne-française, négative pour les variants pathogéniques communs de BRCA1 et BRCA2 afin d'identifier de nouveaux candidats alléliques. Un variant rare de type faux-sens FANCI c.1813C>T; p.L605F a été identifié à l'état hétérozygote. Le but de cette étude était d'étudier FANCI en tant que gène candidat de prédisposition au cancer de l'ovaire à l'aide d'une approche de génétique moléculaire impliquant des analyses génétiques de : la fréquence de FANCI c.1813C>T dans les cas de cancer de l'ovaire et les contrôles ; le portrait exomique germinal et somatique des patientes atteintes de cancer de l'ovaire porteuses de FANCI c.1813C>T; la présence de variants germinaux et somatiques de FANCI dans différents types de cancer. J'ai identifié FANCI c.1813C>T plus fréquemment dans les cas de cancer de l’ovaire chez les familles d’ascendance canadienne-française par rapport au groupe témoin sans cancer, ce qui suggère un rôle de FANCI dans l’augmentation du risque. Ceci, ainsi que des données in cellulo, des analyses génétiques de cas de cancer de l'ovaire dans d'autres populations et des analyses d'expression protéique, soutiennent le rôle que FANCI peut jouer dans le risque de développer un cancer de l'ovaire. Une enquête plus approfondie de la famille de cancer de l’ovaire d’ascendance canadienne-française FANCI c.1813C>T a révélé 66 candidats variants susceptibles d'affecter la fonction de la protéine. Aucun de ces variants n'a été identifié dans d'autres cas de cancer de l’ovaire FANCI c.1813C>T d'ascendance canadienne-française. La perte ou le déséquilibre allélique de l’allèle FANCI c.1813C>T de type sauvage détectée dans certaines tumeurs suggère que l'abrogation de la fonction protéique de FANCI se produit au niveau cellulaire dans la tumorigenèse ovarienne. Le profil de variant somatique des cellules tumorales dérivées des cas de cancer de l’ovaire porteurs de FANCI c.1813C>T présentait des caractéristiques compatibles avec les caractéristiques génétiques moléculaires connues partagées par les tumeurs du cancer de l'ovaire. Le variant germinal FANCI c.1813C>T et d'autres variants somatiques ont été identifiés dans divers cancers, suggérant un rôle tumorigénique possible dans d'autres types de cancer. Cette étude est la première à proposer et à fournir des évidences supportant le rôle de FANCI en tant que nouveau gène de prédisposition au cancer de l'ovaire, ce qui pourrait expliquer certains cas de cancer de l’ovaire héréditaires qui ne sont pas dus à BRCA1, BRCA2 ou à d'autres gènes de prédisposition au cancer de l'ovaire
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».