A molecular genetic investigation of FANCI as a new candidate ovarian cancer predisposing gene
Bibliographic record
Abstract
Les porteuses hétérozygotes de variants induisant une perte de fonction (pathogéniques) de BRCA1 ou BRCA2 ont un risque absolu de cancer de l'ovaire estimé entre 13 et 58 %, particulièrement pour le carcinome séreux de l'ovaire de haut grade, le sous-type le plus courant. Puisque tous les cas familiaux de cancer de l'ovaire ne sont pas attribuables à des variants germinaux pathogéniques de gènes de prédisposition connus, nous avons effectué une analyse par séquençage de l'exome entier d'une famille de cancers de l'ovaire d’ascendance canadienne-française, négative pour les variants pathogéniques communs de BRCA1 et BRCA2 afin d'identifier de nouveaux candidats alléliques. Un variant rare de type faux-sens FANCI c.1813C>T; p.L605F a été identifié à l'état hétérozygote. Le but de cette étude était d'étudier FANCI en tant que gène candidat de prédisposition au cancer de l'ovaire à l'aide d'une approche de génétique moléculaire impliquant des analyses génétiques de : la fréquence de FANCI c.1813C>T dans les cas de cancer de l'ovaire et les contrôles ; le portrait exomique germinal et somatique des patientes atteintes de cancer de l'ovaire porteuses de FANCI c.1813C>T; la présence de variants germinaux et somatiques de FANCI dans différents types de cancer. J'ai identifié FANCI c.1813C>T plus fréquemment dans les cas de cancer de l’ovaire chez les familles d’ascendance canadienne-française par rapport au groupe témoin sans cancer, ce qui suggère un rôle de FANCI dans l’augmentation du risque. Ceci, ainsi que des données in cellulo, des analyses génétiques de cas de cancer de l'ovaire dans d'autres populations et des analyses d'expression protéique, soutiennent le rôle que FANCI peut jouer dans le risque de développer un cancer de l'ovaire. Une enquête plus approfondie de la famille de cancer de l’ovaire d’ascendance canadienne-française FANCI c.1813C>T a révélé 66 candidats variants susceptibles d'affecter la fonction de la protéine. Aucun de ces variants n'a été identifié dans d'autres cas de cancer de l’ovaire FANCI c.1813C>T d'ascendance canadienne-française. La perte ou le déséquilibre allélique de l’allèle FANCI c.1813C>T de type sauvage détectée dans certaines tumeurs suggère que l'abrogation de la fonction protéique de FANCI se produit au niveau cellulaire dans la tumorigenèse ovarienne. Le profil de variant somatique des cellules tumorales dérivées des cas de cancer de l’ovaire porteurs de FANCI c.1813C>T présentait des caractéristiques compatibles avec les caractéristiques génétiques moléculaires connues partagées par les tumeurs du cancer de l'ovaire. Le variant germinal FANCI c.1813C>T et d'autres variants somatiques ont été identifiés dans divers cancers, suggérant un rôle tumorigénique possible dans d'autres types de cancer. Cette étude est la première à proposer et à fournir des évidences supportant le rôle de FANCI en tant que nouveau gène de prédisposition au cancer de l'ovaire, ce qui pourrait expliquer certains cas de cancer de l’ovaire héréditaires qui ne sont pas dus à BRCA1, BRCA2 ou à d'autres gènes de prédisposition au cancer de l'ovaire
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".