Phosphorylation and binding partners of the human NFE2L3 (NRF3) transcription factor
Notice bibliographique
Résumé
Les changements d'expression des gènes, qui sont à la base de presque tous les processus biologiques, sont régis par l'action de facteurs de transcription. Notre laboratoire s'intéresse aux facteurs de transcription de la famille des « cap'n'collar » (CNC) et plus particulièrement à NFE2L3 (Nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 3), aussi connu sous le nom de NRF3. Afin de déterminer l'état de phosphorylation de NFE2L3, nous l'avons lié à une protéine de fusion GST, qui nous a servi de substrat pour le test d'activité des kinases développé par Screaton et ses collègues (Université d'Ottawa). Sur les 420 kinases analysées, cinq ont été capables de phosphoryler NFE2L3 dont la kinase PLK1 (polo-like kinase 1). La phosphorylation de NFE2L3 par PLK1 a ensuite été confirmée par différents tests de kinase in vitro. Des études d'immunoprécipitation ont également suggéré l'interaction de NFE2L3 avec PLK1.Ensuite, nous nous sommes intéressés à déterminer si la glycogène synthase kinase 3 (GSK3) régule le renouvellement de la protéine NFE2L3. Récemment, notre laboratoire a découvert que NFE2L3 peut être ubiquitiné par l'ubiquitine ligase FBW7 (f-box and WD repeat domain-containing 7) (Kannan et al., en préparation). Cela suggère que GSK3 peut être impliqué dans la régulation de ces événements. En effet, il a été démontré que GSK3 est capable de phosphoryler les substrats de Fbw7 facilitant ainsi sa liaison. Corroborant ces données, nous avons montré que GSK3 peut lier et phosphoryler NFE2L3. Nous avons également constaté que l'expression de NFE2L3 peut être stabilisée en utilisant un inhibiteur de GSK3 ou en diminuant l'expression de GSK3. Finalement, la diminution de l'expression de GSK3 entraine la déstabilisation de NFE2L3 causer par FBW7. Cela montre que le renouvellement de NFE2L3 médié par FBW7 est dépendant de la phosphorylation de GSK3.L'objectif final de ce projet était d'identifier des nouvelles protéines capables d'interagir avec NFE2L3. Pour ce faire, des expériences d'immunoprécipitation combinées à la spectrométrie de masse ont été réalisées. Ces expériences nous ont permis de découvrir une série de protéines pouvant potentiellement interagir avec notre gène d'intérêt NFE2L3. Parmi celles-ci, la protéine golgine-84 s'est révélée être un partenaire de NFE2L3. Ces résultats montrent que notre facteur de transcription peut être ciblé à l'appareil de Golgi.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».