Phosphorylation and binding partners of the human NFE2L3 (NRF3) transcription factor
Bibliographic record
Abstract
Les changements d'expression des gènes, qui sont à la base de presque tous les processus biologiques, sont régis par l'action de facteurs de transcription. Notre laboratoire s'intéresse aux facteurs de transcription de la famille des « cap'n'collar » (CNC) et plus particulièrement à NFE2L3 (Nuclear factor (erythroid-derived 2)-like 3), aussi connu sous le nom de NRF3. Afin de déterminer l'état de phosphorylation de NFE2L3, nous l'avons lié à une protéine de fusion GST, qui nous a servi de substrat pour le test d'activité des kinases développé par Screaton et ses collègues (Université d'Ottawa). Sur les 420 kinases analysées, cinq ont été capables de phosphoryler NFE2L3 dont la kinase PLK1 (polo-like kinase 1). La phosphorylation de NFE2L3 par PLK1 a ensuite été confirmée par différents tests de kinase in vitro. Des études d'immunoprécipitation ont également suggéré l'interaction de NFE2L3 avec PLK1.Ensuite, nous nous sommes intéressés à déterminer si la glycogène synthase kinase 3 (GSK3) régule le renouvellement de la protéine NFE2L3. Récemment, notre laboratoire a découvert que NFE2L3 peut être ubiquitiné par l'ubiquitine ligase FBW7 (f-box and WD repeat domain-containing 7) (Kannan et al., en préparation). Cela suggère que GSK3 peut être impliqué dans la régulation de ces événements. En effet, il a été démontré que GSK3 est capable de phosphoryler les substrats de Fbw7 facilitant ainsi sa liaison. Corroborant ces données, nous avons montré que GSK3 peut lier et phosphoryler NFE2L3. Nous avons également constaté que l'expression de NFE2L3 peut être stabilisée en utilisant un inhibiteur de GSK3 ou en diminuant l'expression de GSK3. Finalement, la diminution de l'expression de GSK3 entraine la déstabilisation de NFE2L3 causer par FBW7. Cela montre que le renouvellement de NFE2L3 médié par FBW7 est dépendant de la phosphorylation de GSK3.L'objectif final de ce projet était d'identifier des nouvelles protéines capables d'interagir avec NFE2L3. Pour ce faire, des expériences d'immunoprécipitation combinées à la spectrométrie de masse ont été réalisées. Ces expériences nous ont permis de découvrir une série de protéines pouvant potentiellement interagir avec notre gène d'intérêt NFE2L3. Parmi celles-ci, la protéine golgine-84 s'est révélée être un partenaire de NFE2L3. Ces résultats montrent que notre facteur de transcription peut être ciblé à l'appareil de Golgi.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.006 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".