Population genomics of range expansion in the white-footed mouse (Peromyscus leucopus) in southern Quebec and evidence of introgression from the deer mouse (Peromyscus maniculatus)
Notice bibliographique
Résumé
L'expansion géographique des espèces a des conséquences sur la structure génétique des populations au front d'expansion, qui peut être altérée par de processus tels que le surf d'alleles et les goulots d'étranglement résultant en une variabilité génétique réduite au sein des populations périphériques. L'expansion de la souris à pattes blanches (Peromyscus leucopus) vers le Nord dans le sud du Québec offre l'occasion de tester ces prédictions à l'aide d'outils génomiques. Nos résultats révèlent la signature d'une 'expansion récente et post-glaciaire. La structure génétique des populations de P. leucopus indique la présence au Québec de deux lignées séparées par le fleuve Saint-Laurent, ainsi que d'une divergence secondaire des populations de part et d'autre de la rivière Richelieu. Par ailleurs, nos données ne permettent pas de détecter une réduction de diversité génétique le long du gradient d'expansion mais au contraire une tendance positive pour certaines des lignées, ce qui va à l'encontre de la théorie. Cependant, nous documentons l'évidence de goulots d'étranglement et de surf d'allèles dans les populations les plus au nord qui possèdent une diversité nucléidique réduite, des fréquences d'allèles divergentes et d'allèles privés élevées, ainsi qu'une taille de population effective et des niveaux d'hétérozygotie qui suggèrent l'existence de croisements. Nous avons ainsi détecté l'existence d'individus hybrides de P. leucopus, avec une autre espèce présente au Québec, P. maniculatus, suite à un contact secondaire entre les deux espèces. Nos travaux documentent ainsi pour la première fois l'existence d'hybridation entre les deux espèces de Peromyscus en milieu naturel. Une meilleure compréhension des conséquences évolutives du contact secondaire entre espèces apparentées est un important problème de conservation, car l'une des conséquences de l'expansion des espèces suite au réchauffement climatique est de créer de nouvelles hybrides.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».