Population genomics of range expansion in the white-footed mouse (Peromyscus leucopus) in southern Quebec and evidence of introgression from the deer mouse (Peromyscus maniculatus)
Bibliographic record
Abstract
L'expansion géographique des espèces a des conséquences sur la structure génétique des populations au front d'expansion, qui peut être altérée par de processus tels que le surf d'alleles et les goulots d'étranglement résultant en une variabilité génétique réduite au sein des populations périphériques. L'expansion de la souris à pattes blanches (Peromyscus leucopus) vers le Nord dans le sud du Québec offre l'occasion de tester ces prédictions à l'aide d'outils génomiques. Nos résultats révèlent la signature d'une 'expansion récente et post-glaciaire. La structure génétique des populations de P. leucopus indique la présence au Québec de deux lignées séparées par le fleuve Saint-Laurent, ainsi que d'une divergence secondaire des populations de part et d'autre de la rivière Richelieu. Par ailleurs, nos données ne permettent pas de détecter une réduction de diversité génétique le long du gradient d'expansion mais au contraire une tendance positive pour certaines des lignées, ce qui va à l'encontre de la théorie. Cependant, nous documentons l'évidence de goulots d'étranglement et de surf d'allèles dans les populations les plus au nord qui possèdent une diversité nucléidique réduite, des fréquences d'allèles divergentes et d'allèles privés élevées, ainsi qu'une taille de population effective et des niveaux d'hétérozygotie qui suggèrent l'existence de croisements. Nous avons ainsi détecté l'existence d'individus hybrides de P. leucopus, avec une autre espèce présente au Québec, P. maniculatus, suite à un contact secondaire entre les deux espèces. Nos travaux documentent ainsi pour la première fois l'existence d'hybridation entre les deux espèces de Peromyscus en milieu naturel. Une meilleure compréhension des conséquences évolutives du contact secondaire entre espèces apparentées est un important problème de conservation, car l'une des conséquences de l'expansion des espèces suite au réchauffement climatique est de créer de nouvelles hybrides.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".