Validation of KIF1A/25B interactors in hereditary sensory and autonomic neuropathies type II
Notice bibliographique
Résumé
Les neuropathies héréditaires sensitives et autonomes de type II (HSAN II) sont un groupe de maladies rares caractérisées par un mode de transmission autosomique récessif avec début à la naissance ou dans la petite enfance. Décrits pour la première fois en 1973 dans la population canadienne, ces patients présentent une force musculaire proche de la normale, une perte de proprioception (insensibilité à la douleur), une sensation de vibration et de pression, une diminution des réflexes cornéens, une aréflexie et une hypotonie sévère qui conduiront à une dysplasie osseuse, une scoliose, des articulations neuropathiques (Charcot) et des lésions cutanées compliquées souvent d'ostéomyélite mais néanmoins indolores. Toutes les modalités de la sensation (toucher-pression, vibration, froid, chaud et nociception) sont affectées. Des symptômes variables du dysfonctionnement de la composante autonome sont trouvés chez ces patients comme l'hyperhidrose, l'anhidrose inégale et le larmoiement retardé. Malheureusement, aucun traitement ne peut encore être proposé à ces patients et beaucoup reste à comprendre sur ses voies pathologiques.Ce projet vise à répondre aux questions concernant les interactions protéiques d'un gène causal identifié, KIF1A. Ce gène a été identifié par l'équipe du Dr Rouleau comme l'un des gènes causaux de HSAN II. L'isoforme est nommée HIF1A/25B car les mutations à l'origine de la maladie ont été exclusivement trouvées dans l'exon à épissage alternatif « 25B ». D'anciens étudiants du laboratoire de Dr Rouleau ont identifié une liste d'interacteurs protéiques de KIF1A/25B par spectrométrie de masse. Sur les cinquante-quatre interacteurs signalés comme ayant une interaction exclusive avec KIF1A/25B et 25B seuls, deux ont été sélectionnés en fonction de leur pertinence physiologique et de leur fonction connue : SYT11 (synaptotagmin XI) et CSNK1E (casein kinase 1 Epsilon). Ils ont confirmé que l'interaction de l'un d'entre eux, SYT11 via Co-immunoprécipitation (co-IP) était non exclusive avec 25B et nous avons également confirmé l'interaction de CSNK1E via co-IP et également non exclusive avec 25B
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».