A functional single nucleotide polymorphism in PTPN22 contributes to diabetes susceptibility in the BioBreeding Rat (49.4)
Notice bibliographique
Résumé
Abstract The C1858T polymorphism in the Ptpn22 gene is associated with increased susceptibility to several autoimmune disorders including Type 1 Diabetes (T1D). This produces a gain-of-function R620W variant with diminished binding affinity to Csk, which, like PTPN22 is an inhibitor of antigen receptor signaling. In the T1D-prone BioBreeding (BB) rat, this gene is located in the Iddm3 locus on chromosome 2, making it a likely candidate gene. Sequencing revealed a non-synonymous SNP causing an A629T substitution C-terminal to the PTPN22 P1 domain that binds to Csk. Co-immunoprecipitations examining the PTPN22-Csk interaction have shown a 2-fold reduction in binding affinity of the BB compared to the ACI variant. Importantly, a genome-wide segregation analysis of an F2(BBxACI.1u.lyp) cohort revealed the dominant effect of the BB allele to confer a 3-fold increased T1D risk compared to the allele carried by the T1D-resistant ACI strain. Homozygosity for the BB allele is also associated with phenotypes indicative of immune dysregulation including increased proportions of activated CD4 T cells in the periphery. Reminiscent of the phenotypes observed in T1D patients carrying the R620W variant, BB-derived T and B cells exhibit hyporesponsiveness to antigen receptor engagement, with a concomitant decrease in IL-2 production by CD4 T cells. Banting and Best Diabetes Centre, Genome Canada, Ontario Research Foundation and CIHR
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».