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Enregistrement W810666269 · doi:10.1128/9781555817732.ch15

Viral Plasmids in Mammalian Cells

2014· book-chapter· en· W810666269 sur OpenAlexaff
Lori Frappier

Notice bibliographique

RevueASM Press eBooks · 2014
Typebook-chapter
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueViral-associated cancers and disorders
Établissements canadiensUniversity of TorontoCanada Research Chairs
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésPlasmidBiologyOrigin of replicationGenomeVirologyDNA replicationVirusDNAGeneticsMolecular biologyGene

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Like bacteria and yeast, mammalian cells can harbor plasmids. These double-stranded circular DNA plasmids or episomes are the genomes of DNA viruses. The genomes of Epstein-Barr virus, the related Kaposi's sarcoma-associated (virus human herpesvirus 8), and papillomavirus can persist indefinitely in latently infected cells due to their ability to replicate and stably segregate during cell division, and this chapter focuses on these viruses. Efficient replication from the dyad symmetry (DS) element requires all four Epstein-Barr nuclear antigen (EBNA)1-binding sites as well as the nonamer repeats that flank the EBNA1 sites. EBNA1 is the only viral protein required to replicate and maintain oriP plasmids and EBV episomes and does so through interactions with the 18-bp palindromic sequences present in the family of repeats (FR) and DS elements of oriP. Replication from oriP requires EBNA1 binding to the DS element, but this interaction alone does not activate the origin, as EBNA1 is bound to the DS throughout most of the cell cycle. The transient replication of bovine papillomavirus (BPV) genomes is dependent on the viral E1 and E2 proteins, and no other viral proteins are required. On the basis of this finding, a mouse cell line was developed that stably expressed E1 and E2 and was used to map the cis-acting requirements for BPV plasmid replication. The latent genomes of several different DNA viruses are stably maintained in mammalian cells as low-copy-number plasmids.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,002
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Autre · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,013
Score d'incertitude au seuil0,044

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,001
Bibliométrie0,0020,002
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0030,001
Science ouverte0,0020,002
Intégrité de la recherche0,0010,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0130,028

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,018
Tête enseignante GPT0,242
Écart entre enseignants0,224 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreAutre

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2014
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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