Structural and Functional Characterization of a Novel Family GH115 4-O-Methyl-α-Glucuronidase with Specificity for Decorated Arabinogalactans
Notice bibliographique
Résumé
Glycoside hydrolases are clustered into families based on amino acid sequence similarities, and belonging to a particular family can infer biological activity of an enzyme. Family GH115 contains α-glucuronidases where several members have been shown to hydrolyze terminal α-1,2-linked glucuronic acid and 4-O-methylated glucuronic acid from the plant cell wall polysaccharide glucuronoxylan. Other GH115 enzymes show no activity on glucuronoxylan, and therefore, it has been proposed that family GH115 may be a poly-specific family. In this study, we reveal that a putative periplasmic GH115 from the human gut symbiont Bacteroides thetaiotaomicron, BtGH115A, hydrolyzes terminal 4-O-methyl-glucuronic acid residues from decorated arabinogalactan isolated from acacia tree. The three-dimensional structure of BtGH115A reveals that BtGH115A has the same domain architecture as the other structurally characterized member of this family, BoAgu115A; however the position of the C-terminal module is altered with respect to each individual enzyme. Phylogenetic analysis of GH115 amino sequences divides the family into distinct clades that may distinguish different substrate specificities. Finally, we show that BtGH115A α-glucuronidase activity is necessary for the sequential digestion of branched galactans from acacia gum by a galactan-β-1,3-galactosidase from family GH43; however, while B. thetaiotaomicron grows on larch wood arabinogalactan, the bacterium is not able to metabolize acacia gum arabinogalactan, suggesting that BtGH115A is involved in degradation of arabinogalactan fragments liberated by other microbial species in the gastrointestinal tract.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».