Synthetic Genetic Array (SGA) analysis of sec14 cki1 identifies a downstream role for the Golgi specific TRAPPII‐Rab/Ypt31 signaling cascade.
Notice bibliographique
Résumé
The yeast phosphatidylcholine/phosphatidylinositol transfer protein Sec14p is indispensable for vesicular transport from the Golgi and cell viability. The essential nature of Sec14p function can be bypassed by inactivation of other genes. These include enzymes in the CDP‐choline pathway for phosphatidylcholine biosynthesis and the yeast oxysterol binding protein homologue Kes1p/Osh4p. To further understand the mechanism of sec14 bypass we performed a series of synthetic lethal analyses with each of approximately 4800 single deletion mutants. The results indicate ~ 31 genes required for the viability of the sec14 cki1 strain. Included within the 31 genes were components of the TRAPPII complex and ypt31 but not the closely related ypt32 . In addition, these genes are not required for the viability of the sec14 kes1 strain, demonstrating a specific requirement for this mode of bypass. Furthermore, inactivation of the KES1 gene ameliorated the growth defects associated with the sec14 cki1 synthetic lethal interactions with the TRAPPII components and ypt31 . Together the results demonstrate the differences between the modes of sec14 bypass. As well the results suggest that Kes1p may function as an inhibitor of Ypt31p, the TRAPPII complex, or possibly a protein upstream of TRAPPII function. (Supported by the Canadian Institutes of Health Research and the Canada Research Chairs fund)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».