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Record W1719347186

LA BIODIVERSIDAD EN UN CÓDIGO DE BARRAS

2007· article· es· W1719347186 on OpenAlexaboutno aff
Patricia Escalante, Paul D. N. Hebert

Bibliographic record

VenueGaceta UNAM (2000-2009) · 2007
Typearticle
Languagees
FieldEnvironmental Science
TopicMexican Socioeconomic and Environmental Dynamics
Canadian institutionsnot available
Fundersnot available
KeywordsHumanitiesArtGeography
DOInot available

Abstract

fetched live from OpenAlex

POR LA IMPORTANCIA DE SUS COLECCIONES CIENTIFICAS QUE, AL MENOS DESDE HACE 10 ANOS, INVESTIGADORES Y ALUMNOS HAN REUNIDO PARA PRESERVAR CON METODOS QUE PERMITAN LA RECUPERACION DEL ADN CON LA MEJOR CALIDAD POSIBLE, Y NUMERO DE ESPECIALISTAS EN TAXONOMIA DE LA BIODIVERSIDAD EN MEXICO, INSTITUTO DE BIOLOGIA SE UBICA EN UNA INMEJORABLE POSICION PARA PARTICIPAR EN LA PROPUESTA DE INVENTARIAR LA BIODIVERSIDAD DEL PLANETA A TRAVES DE UN CODIGO DE BARRAS, ASEGURO PATRICIA ESCALANTE. ESTA INICIATIVA -CREADA POR PAUL HEBERT, DE LA UNIVERSIDAD DE ONTARIO, CANAD - PODRIA GENERAR RECURSOS PARA COMPLETAR CAT LOGO DE LA BIODIVERSIDAD, LA CONSERVACION DE LAS COLECCIONES Y GRAN SISTEMA INFORM TICO, Y, AL MISMO TIEMPO, DAR RESPUESTA A MUCHAS PREGUNTAS EVOLUTIVAS, SE DIJO TRAS UNA BREVE VISITA REALIZADA RECIENTEMENTE POR INVESTIGADOR ESTADUNIDENSE AL INSTITUTO, DONDE OFRECIO SEMINARIO EL CODIGO DE BARRAS DEL ADN Y LA BIODIVERSIDAD. LA PROPUESTA DE DICHO CODIGO DE BARRAS (BOL, POR SUS SIGLAS EN INGLES) CONSISTE EN UTILIZAR FRAGMENTO INICIAL DEL GEN MITOCONDRIAL COI (CITROMO C OXIDASA SUBUNIDAD I), AMPLIAMENTE DISTRIBUIDO EN FILA DEL REINO ANIMAL Y EN MITOCONDRIAS DE OTROS ORGANISMOS COMO HONGOS, ALGAS Y PLANTAS VASCULARES, PARA DESARROLLAR UN SISTEMA DE IDENTIFICACION DIGITAL A NIVEL DE ESPECIE. LAS PRUEBAS HECHAS HASTA MOMENTO EN DIFERENTES GRUPOS DEMUESTRAN QUE UN FRAGMENTO DE LAS MITOCONDRIAS -DE APROXIMADAMENTE 650 PARES DE BASES-, PUEDE SER UTIL Y SUFICIENTE PARA PROVEER UN CODIGO DE CUATRO LETRAS E INNUMERABLES COMBINACIONES PARA LOGRAR LA IDENTIFICACION DE 99 POR CIENTO DE LAS ESPECIES. AUN CUANDO GRUPOS DE ESPECIES JOVENES NO SE DIAGNOSTICARAN, AL MENOS SE PODRIA LLEGAR A LA DEFINICION DE FAMILIA, GENERO, Y HASTA GRUPO DE ESPECIES EMPARENTADAS A LA CUAL PERTENECE LA MUESTRA. LOS TAXONOMOS HAN HECHO UN TRABAJO MAGNIFICO AL DESCRIBIR LAS ESPECIES, SIN EMBARGO PROBLEMA ES QUE EN 250 ANOS DE DESARROLLO DE ESTA DISCIPLINA SOLAMENTE SE HAN LOGRADO DESCRIBIR UN MILLON Y MEDIO DE ESPECIES, AUNQUE COMO LA ESTIMACION DE SU NUMERO TOTAL EN PLANETA ES DE ENTRE 10 Y CIEN MILLONES, LA TAREA TIENE QUE SER ACELERADA, SOBRE TODO PORQUE MUCHAS DE ELLAS EST N DESAPARECIENDO Y LA GENTE NO PUEDE CONSERVAR LO QUE NO CONOCE, SUBRAYO HEBERT ANTE CIENTIFICOS DE LA DEPENDENCIA UNIVERSITARIA. PARTE DEL PROYECTO BOL CONSISTE EN DESARROLLO DE UN APARATO PORT TIL PARA DETERMINAR LA SECUENCIA COI DE CUALQUIER MUESTRA, Y EN UNOS MINUTOS O SEGUNDOS OBTENER RESULTADO A TRAVES DE ESTA Y LA CONSULTA A UNA BASE DE DATOS POR INTERNET DE TODAS LAS ESPECIES. UNA DE LAS CONSECUENCIAS M S PROMETEDORAS DE ESTE PROYECTO ES ACCESO A LA DETERMINACION TAXONOMICA, QUE SE FACILITARIA ENORMEMENTE PARA QUE MANEJAN RECURSOS NATURALES (COMERCIO DE FLORA Y FAUNA Y CONTROL DE PLAGAS Y RESTAURACION AMBIENTAL POR EJEMPLO), PARA AQUELLOS QUE NO SON EXPERTOS EN GRUPO PERO QUE REQUIEREN DETERMINACIONES, Y PARA ALUMNOS CURIOSOS ACERCA DE LA NATURALEZA, PUES CON SOLO TOCAR LA PIEL POR EJEMPLO DE UNA RANA CON UN PEQUENO PAPEL, Y METERLA AL DNA SEQUENCER HAND HELD DEVISE, SE TENDRIA ACCESO AL NOMBRE CIENTIFICO Y DE ALLI A TODA LA INFORMACION DISPONIBLE EN LA RED. PARA DESARROLLO DE ESTA GIGANTESCA BASE DE DATOS, CANAD  HACE YA IMPORTANTES INVERSIONES DE INVESTIGACION Y, ADEM S, PROPORCIONAR  UNA PARTE SUSTANCIAL DEL FINANCIAMIENTO. SE DAN DETALLES SOBRE TRABAJO REALIZADO POR BOLD. INSTITUTO DE BIOLOGIA SE UNIO A ESTE PROYECTO DESDE HACE DOS ANOS, Y SUS ESPECIALISTAS CONSIDERAN YA USAR LA FORMA DE INTRODUCIR LA LLAMADA SECUENCIACION EN SUS GRUPOS Y PROYECTOS DE INVESTIGACION, EN PARTICULAR EN HELMINTOS, AVES, MAMIFEROS, ORQUIDEAS, CRASUL CEAS Y PINOS. ACTUALMENTE SE TIENE LA PARTICIPACION DECIDIDA DE TRES INVESTIGADORES DE COLEGIO DE LA FRONTERA SUR, EN CHETUMAL, ASI COMO INTERES DE OTROS DEL INSTITUTO DE ECOLOGIA, DEL CENTRO DE INVESTIGACIONES BIOLOGICAS DEL NOROESTE Y DEL INSTITUTO POLITECNICO NACIONAL. ESTA INICIATIVA, ASEGURO PATRICIA ESCALANTE, SE CONJUGA BIEN CON PROYECTO INTERDISCIPLINARIO SIBA (SISTEMA DE INFORM TICA PARA LA BIODIVERSIDAD Y AMBIENTE) QUE INSTITUTO DE BIOLOGIA CONDUCE CON APOYO DEL PROGRAMA IMPULSA, YA QUE SE CUENTA EN LINEA CON APROXIMADAMENTE 200 MIL REGISTROS DE LAS COLECCIONES BOT NICAS Y ZOOLOGICAS Y EST  A PUNTO DE LANZARSE UN PORTAL DE IM GENES, LO QUE FACILITAR  CONECTARSE AL SISTEMA DEL CODIGO DE BARRAS DE LA VIDA. LA ESPECIALISTA, QUIEN PARTICIPA EN LA INICIATIVA PARA CONSTRUIR LA PARTE DE LAS AVES, LE MOSTRO A SU HOMOLOGO PAUL HEBERT LAS COLECCIONES M S IMPORTANTES DEL INSTITUTO PARA ESTA INICIATIVA, SUS LABORATORIOS Y UNIDAD INFORM TICA.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame distilled prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.

metaresearch head score (Codex)0.002
metaresearch head score (Gemma)0.000
Version: codex-gemma-dda1882f352aValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesMeta-epidemiology (narrow), Insufficient payload (model declined to judge)
Consensus categoriesInsufficient payload (model declined to judge)
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Observational · Consensus signal: Observational
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.222
Threshold uncertainty score1.000

Codex and Gemma teacher scores by category

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0020.000
Meta-epidemiology (narrow)0.0010.001
Meta-epidemiology (broad)0.0010.000
Bibliometrics0.0000.000
Science and technology studies0.0000.001
Scholarly communication0.0000.000
Open science0.0010.001
Research integrity0.0010.001
Insufficient payload (model declined to judge)0.0160.014

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.005
GPT teacher head0.211
Teacher spread0.206 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; both teacher heads agree on what is shown here.

Study designObservational
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations0
Published2007
Admission routes1
Has abstractyes

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