Avian hepatitis E virus in an outbreak of hepatitis–splenomegaly syndrome and fatty liver haemorrhage syndrome in two flaxseed-fed layer flocks in Ontario
Bibliographic record
Abstract
Two commercial layer chicken flocks that were fed a flax-based diet beginning at 28 weeks of age for the production of omega-3 fatty-acid-enriched eggs experienced increased mortality when the birds reached 37 weeks. The average weekly mortality was 0.34% over a 20-week period, with peak mortality of 0.9% for 1 week. Reduced feed consumption, reduced body weight gain and poor peak production were noticed prior to the onset of increased mortality. A total of 245 birds were necropsied and 78% of these had lesions in the liver and spleen, with 44% of those necropsied having changes consistent with hepatitis–splenomegaly syndrome, with lesions ranging from acute periportal lymphoplasmacytic hepatitis to chronic severe cholangiohepatitis with haemorrhage, vasculitis and amyloidosis. A total of 11% of the birds had lesions typical of fatty liver haemorrhagic syndrome, and 22% had lesions found in both hepatitis–splenomegaly syndrome and fatty liver haemorrhagic syndrome. No significant bacteria or viruses were recovered from samples of the liver/bile or spleen but 11 of 21 bile samples contained avian hepatitis E virus RNA detectable with a reverse transcriptase-polymerase chain reaction assay. Comparative sequence analysis found identities of 82 to 92% and 78 to 80% between the helicase and capsid protein genes, respectively, of the virus detected in this outbreak and those of other avian hepatitis E virus isolates, suggesting extensive genetic heterogeneity in avian hepatitis E viruses in Ontario flocks. Deux troupeaux de poules pondeuses commerciales ont été nourris avec un aliment à base de lin à partir de l'âge de 28 semaines pour la production d'œufs enrichis en acide gras omega-3. La mortalité a augmenté quand les animaux atteignaient l'âge de 37 semaines. La mortalité moyenne hebdomadaire a été de 0,34% sur une période de 20 semaines, avec un pic de mortalité de 0,9% durant une semaine. Avant le début de l'augmentation de la mortalité il a été remarqué une diminution de la consommation, une diminution du gain de poids du corps et un pic de production médiocre. Deux cent quarante cinq animaux ont été autopsiés et 78% d'entre eux ont présenté des lésions du foie et de la rate, dont 44% qui avaient des lésions compatibles avec un syndrome de splénomégalie hépatite (HSS), avec des lésions allant d'une hépatite lymphoplasmatique périportale aiguës à une cholangiohépatite chronique grave avec hémorragie, des lésions de vascularite et d'amyloïdose. Onze pourcent de ces animaux avaient des lésions typiques du syndrome foie gras hémorragique (FLHS) et 22% avaient des lésions correspondant à la fois au HSS et au FLHS. Aucun virus ni bactéries importants n'ont été isolés des échantillons de foie/bile ou de rate mais 11 des 21 échantillons de bile contenaient l'ARN du virus de l'hépatite E (HEV) détecté par RT-PCR. L'analyse comparative des séquences des gènes de la protéine de l'hélicase et de la protéine de la capside du virus détecté dans ce cas a montré respectivement 82-92% et 78-80% d'identité avec les autres souches d'HEV aviaires, suggérant une hétérogénéité génétique très grande des HEVs aviaires dans les troupeaux en Ontario. Zwei kommerzielle Legehennenherden, die zur Produktion von Omega-3-Fettsäure-reichen Eiern ab der 28. Lebenswoche ein auf Flachssaat basierendes Futter erhielten, zeigten bis zum Alter von 37 Wochen eine erhöhte Mortalitätsrate. Die durchschnittliche wöchentliche Mortalität betrug über einen Zeitraum von 20 Wochen 0,34%, wobei in einer Woche ein Peak von 0,9% erreicht wurde. Vor dem Auftreten der erhöhten Verluste wurden eine schlechtere Futterverwertung, geringere Gewichtszunahmen und ein Nichterreichen des Leistungshöhepunkts festgestellt. Insgesamt wurden 245 Tiere seziert. Davon wiesen 78% Leber- und Milzveränderungen auf, die bei 44% denjenigen beim Hepatitis-Splenomegalie-Syndrom (HSS) entsprachen mit Läsionen, die von einer akuten periportalen lymphoplasmatischen Hepatitis bis hin zu einer hochgradigen chronischen Cholangiohepatitis mit Hämorrhagien, Vasculitis und Amyloidose reichten. 11% der Tiere hatten Veränderungen, die typisch für das hämorrhagische Fettlebersyndrom (FLHS) waren und 22% der Legehennen zeigten Veränderungen, die sowohl beim HSS als auch beim FLHS zu finden sind. In den Leber- und Galleproben konnten keine pathogenen Bakterien oder Viren isoliert werden, aber mittels Reverse Transkriptase-Polymerasekettenreaktion wurde in 11 von 21 Galleproben RNS des aviären Hepatitis E-Virus (HEV) nachgewiesen. Vergleichende Sequenzanalysen ließen eine 82–92%ige Übereinstimmung zwischen der Helicase und eine 78–80%ige Übereinstimmung zwischen den Kapsidproteingenen des bei diesem Ausbruch entdeckten Virus und denen von anderen aviären HEV-Isolaten erkennen. Dies läßt auf eine erhebliche genetische Heterogenität bei den aviären HEVs in Hühnerbeständen in Ontario schließen. Dos lotes comerciales de gallinas ponedoras que fueron alimentadas con una dieta basada en lino desde las 28 semanas de vida para la producción de huevos enriquecidos con ácidos grasos omega-3 sufrieron un incremento de mortalidad cuando las aves llegaron a las 37 semanas. La mortalidad media semanal fue del 0.34% a las 20 semanas con un pico de mortalidad del 0.9% en una semana. Previamente al inicio del incremento de mortalidad se apreció una reducción del consumo de pienso y del peso corporal y un pico de producción pobre. Se necropsiaron un total de 245 aves y el 78% de éstas tenían lesiones en el hígado y bazo, y un 44% de las necropsiadas tenía cambios compatibles con el síndrome de hepatitis-esplenomegalia (HSS), con lesiones que variaban entre la hepatitis linfoplasmocitaria periportal a la colangiohepatitis crónica grave con hemorragia, vasculitis y amiloidosis. Un 11% de las aves tenía lesiones características del síndrome hemorrágico del hígado graso (FLHS) y un 22% tenía lesiones que se han encontrado en ambos HSS y FLHS. No se aislaron bacterias ni virus significativos de las muestras de hígado/bilis o bazo, pero 11 de las 21 muestras de bilis contenían RNA del virus de la hepatitis B aviar detectado mediante la prueba de la reacción en cadena de la polimerasa-transcriptasa. Los análisis comparativos de secuencias encontraron similitudes del 82-92% y del 78-80% entre los genes de la helicasa y de la proteína de la cápside, respectivamente, de los virus detectados en este brote y los de otros aislamientos de HEV aviares, lo cual sugiere una heterogeneidad genética extensa en los HEV de los lotes de Ontario.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.001 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.002 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.001 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".