Functional characterization of the bacterial virulence factor NleA
Bibliographic record
Abstract
Les bactéries entéropathogènes et entérohémorragiques Escherichia coli (EPEC et EHEC) sont des pathogènes d'origine alimentaire pouvant causer de sévères diarrhées et même la mort chez l'humain. Citrobacter rodentium est un pathogène de la souris qui sert de modèle animal pour les infections causées par EPEC et EHEC chez l'homme. EPEC, EHEC et Citrobacter rodentium transportent les protéines de virulence bactériennes directement dans la cellule hôte via un système de sécrétion de type III (T3SS). Le NleA (non-LEE-encoded effector A ou effecteur A non encodé par LEE) est un effecteur T3SS commun chez ces bactéries et est requis pour conférer la virulence bactérienne. Le NleA repère la voie de sécrétion de la cellule hôte et inhibe le transport vésiculaire en interagissant avec la sous-unité Sec24 du COPII (coatamer protein II complex ou complexe de protéines coatamer II) des mammifères. Les cellules de mammifères expriment quatre paralogues de Sec24 (Sec24A-D), qui interviennent dans la sélection des protéines transporteuses cargo et possèdent des spécificités cargo distinctes mais se chevauchant. Nous avons récemment démontré que NleA lie Sec24A-D selon deux mécanismes distincts. De plus, une protéine mutante ayant une interaction grandement diminuée avec tous les paralogues Sec24 ne se localise pas adéquatement dans la cellule hôte, n'inhibe pas le transport des vésicules et ne confère pas de virulence dans le modèle d'infection de la souris. L'inhibition de COPII résulte en une rupture des jonctions serrées de la barrière épithéliale impliquant NleA durant l'infection à EPEC. La rupture des jonctions serrées associée à EPEC survient en deux phases. Tandis que les effecteurs bactériens EspF et Map démantèlent les protéines existantes de la jonction serrée, NleA inhibe activement la translocation vers leur site des protéines de la jonction serrée nouvellement synthétisées par l'épithélium de l'hôte. Ceci résulte en une rupture irréparable de la jonction serrée durant l'infection. Ces travaux suggèrent fortement que l'intéraction et l'inhibition de COPII par NleA est un aspect important de la maladie médiée par EPEC et EHEC.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".