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Record W2515207211 · doi:10.4052/tigg.13.447

Complex NGlycans - When, Why?

2001· article· en· W2515207211 on OpenAlexaff
Shihao Chen, Andrew M. Spence, Harry Schachter

Bibliographic record

VenueTrends in Glycoscience and Glycotechnology · 2001
Typearticle
Languageen
FieldBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
TopicGlycosylation and Glycoproteins Research
Canadian institutionsHospital for Sick ChildrenUniversity of Toronto
Fundersnot available
KeywordsComplementary DNACaenorhabditis elegansChemistryStereochemistryBiochemistryGene

Abstract

fetched live from OpenAlex

UDP-N-アセチルグルコサミン: α-3-D-マンノシドβ-1,2-N-アセチルグルコサミン転移酵素I (GnT I) は、複合型、混成型のアスパラギン結合型糖鎖生合成に関する鍵酵素である。哺乳類GnT Iの相同物と予測される三つの遺伝子に対するcDNAを線虫C. elegansからクローン化した (gly-12、gly-13、gly-14と命名)。これら三つのcDNAは全て、以前クローン化されたゴルジ型糖転移酵素がもつ典型的な構造のタンパク質をコードしていた。これらの遺伝子を線虫に導入し発現させると、全てがGnT Iの酵素活性を示した。中でもGLY-13はユニークで、糖アクセプターとして生理的な基質であるMan5GlcNAc2-Rのみを認識した。trimethylpsoralen (TMP) 存在下での紫外線照射によって、これら三つの遺伝子が欠落した変異体を単離した。gly-12とgly-14の一方、あるいは両方を欠落させた変異体の表現型は野生型と変わらなかった。このことは、少なくとも研究室で標準的に飼育している限り、gly-12、gly-14いずれの遺伝子も線虫の発生には必要ないことを示す。この結果や他のデータから考え、GLY-13がC. elegans の主たる機能的GnT Iであると判断される。gly-13遺伝子が欠落した変異体は半致死で、生存できたとしても形態や行動に重大な欠陥を生じた。今のところ、gly-13遺伝子に隣接する箇所で生じた第二の変異の可能性を除外できないが、遺伝学的なマッピング実験では、観察された表現型がgly-13遺伝子欠損に基づくことが確認されている。マウスGnT I遺伝子に関するヌル変異体の実験から、哺乳類の形態形成における複合型、混成型N-結合糖鎖の決定的な役割が指摘されている。我々のデータは、線虫C. elegans においても同様なことが成り立つことを示唆する。しかしながら、後生動物の発生過程における糖鎖の機能を調べるのに、GnT Iや他の糖転移酵素のヌル変異体を用いる方法には限界がある。つまり、この問題 (翻訳後修飾に関する機能プロテオミクス) に対する別種のアプローチが必要となる。

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame distilled prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.

metaresearch head score (Codex)0.000
metaresearch head score (Gemma)0.000
Version: codex-gemma-dda1882f352aValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Not applicable · Consensus signal: none
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.927
Threshold uncertainty score0.807

Codex and Gemma teacher scores by category

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0000.000
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.000
Meta-epidemiology (broad)0.0000.000
Bibliometrics0.0010.001
Science and technology studies0.0000.001
Scholarly communication0.0000.000
Open science0.0000.000
Research integrity0.0000.000
Insufficient payload (model declined to judge)0.0000.000

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.034
GPT teacher head0.315
Teacher spread0.281 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one teacher head, not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designNot applicable
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations4
Published2001
Admission routes1
Has abstractyes

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