Perfil fenotípico e genotípico da resistência aos antimicrobianos em "Klebsiella pneumoniae", "Salmonella enterica" e estafilococos coagulase-negativa
Bibliographic record
Abstract
A resistencia antimicrobiana e um problema comumente encontrado em medicina humana e veterinaria. Agentes como Klebsiella Salmonella e estafilococos coagulase-negativa (ECN) sao alvo de pesquisas na deteccao e identificacao de genes de resistencia aos antimicrobianos. O presente estudo visou estabelecer o perfil de resistencia fenotipico e genotipico em: (i) amostras de S. enterica isoladas de animais domesticos e pacientes humanos no Estado de Sao Paulo; (ii) amostras de K. pneumoniae isoladas de fezes e leite de bovinos leiteiros em rebanhos Brasileiros; e (iii) amostras de ECN isoladas de leite bovino de rebanhos leiteiros Canadenses. Ainda, estudar associacoes entre os respectivos perfis e a origem dos isolados, os diferentes sistemas de producao, os estratos de celulas somaticas do tanque, e estabelecer associacoes entre a utilizacao de antimicrobianos e resistencia aos mesmos em isolados de ECN. Neste projeto, 166 isolados de K. pneumoniae oriundos de 24 propriedades leiteiras, 153 S. enterica oriundos de carcacas de frangos de corte e pacientes humanos e 1.859 amostras de ECN isoladas de leite de vacas em rebanhos Canadenses foram submetidos ao antibiograma e a deteccao molecular de genes de resistencia, associados ao respectivo perfil. Ainda, foram obtidas associacoes dos perfis de resistencia com a origem dos isolados. No caso de S. enterica, resistencia foi comumente observada para estreptomicina, tetraciclina, combinacao de sulfametoxazol / trimetoprim e amoxicilina. Os genes mais comumente encontrados de acordo com estes perfis foram aadA, tetC, sul1 e blactx-m, sendo este, para nosso conhecimento, o primeiro relato do gene qnrB em S. enterica isolada de humanos no Brasil. Os perfis observados foram distintos em isolados humanos e animais corroborando com estudos previos que demonstram diferentes mecanismos de resistencia em medicina humana e veterinaria, com o primeiro demonstrando maiores proporcoes de resistencia para diversas drogas. Nos isolados de K. pneumoniae, foi detectada uma associacao entre a origem do isolado (leite ou fezes) e a resistencia para estreptomicina, cloranfenicol, tetraciclina e sulfametoxazol. Perfis multirresistentes foram observados apenas em isolados de origem clinica (leite mastitico). Os genes comumente encontrados incluiram tetD, tetB e sul2. Tratando-se de isolados de ECN, resistencia as sulfonamidas foi o perfil mais comumente observado (18,65%) seguido pela penicilina, tetraciclina e eritromicina (11,95%, 11,29% e 6,5% respectivamente). Entre as Provincias Canadenses, Alberta apresentou a menor prevalencia de resistencia as sulfonamidas, apesar de a prevalencia de isolados multirresistentes ter sido constante nas diferentes Provincias. Nos diferentes tipos de instalacoes, isolados de tie-stalls tiveram maior chance de serem multirresistentes em comparacao com isolados de free-stall. A utilizacao de antimicrobianos foi associada a presenca de isolados multirresistentes, especialmente no caso do cloranfenicol e macrolideos. Os genes blaZ e mecA (beta-lactâmicos), str e aadE (aminoglicosideos), ermA e ermC (macrolideos), tetK e tetL (tetraciclinas) foram os mais comumente observados. Abstract
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".