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Record W2891740056 · doi:10.71781/30261

Examining how PSMB11 orchestrates T cell development

2017· dissertation· en· W2891740056 on OpenAlexfundno aff
Anca Apavaloaei

Bibliographic record

VenuePapyrus : Institutional Repository (Université de Montréal) · 2017
Typedissertation
Languageen
FieldBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
TopicUbiquitin and proteasome pathways
Canadian institutionsnot available
FundersCanadian Institutes of Health ResearchNational Institutes of Health
KeywordsBiologyPolitical scienceCognitive sciencePsychology

Abstract

fetched live from OpenAlex

Les lymphocytes T CD8 jouent un rôle majeur dans l’immunosurveillance de l’organisme contre les pathogènes de même que les cellules pré-cancéreuses. Afin d’induire une réponse cytotoxique efficace contre ces événements anormaux, les lymphocytes T CD8 doivent exprimer à leur surface un récepteur des cellules T (TCR) qualifié et capable de reconnaître les molécules étrangères. Cette qualification s’effectue au sein du thymus, qui représente l’unique organe se spécialisant dans l’éducation des lymphocytes T CD4 et CD8. Dans le cortex thymique, les thymocytes exprimant un TCR fonctionnel sont sélectionnés positivement par les cellules épithéliales corticales thymiques (cTECs). Ceux-ci transitent ensuite vers la médulla thymique où les thymocytes autoréactifs sont éliminés afin de prévenir l’autoimmunité. PSMB11 est une sous-unité catalytique du thymoprotéasome, qui est exprimé de façon exclusive par les cTECs, des cellules spécialisées dans la production et la présentation des peptides associés au CMH de classe I (MIPs). Ainsi, une déficience en PSMB11 altère sévèrement le développement des thymocytes CD8. Étant donné que les thymoprotéasomes présentent une faible activité chymotrypsique, leur rôle présumé est de produire des peptides ayant une faible affinité pour le CMH de classe I pour ainsi assurer la sélection positive des thymocytes CD8 exprimant un TCR de faible affinité. À ce jour, aucune étude n’a toutefois réussi à élucider le rôle fondamental de PSMB11 dans la sélection positive. Puisque les protéasomes peuvent être impliqués dans plusieurs processus cellulaires, nous avons vérifié si PSMB11 1) orchestre des activités peptide-indépendantes dans les cTECs, et 2) son impact sur le développement des thymocytes. Nous avons montré que les cTECs de souris Psmb11-/- présentent une expression différentielle de gènes impliqués dans l’adhésion cellule-cellule ainsi que dans la signalisation des cytokines, deux processus étroitement liés à la sélection positive. Nous avons également observé des niveaux élevés de CXCR4 à la surface des thymocytes 8SM des souris Psmb11–/–, suggérant que les thymocytes CD8 sont retenus plus longtemps dans le cortex comparativement aux souris WT. Des gènes pro-inflammatoires sont aussi surexprimés dans les cTECs déficientes en PSMB11, menant à la détection d’une augmentation du stress dans les thymocytes. Enfin, nous avons montré que PSMB11 altère l’expression de Cd83 et Prss16, deux gènes ayant un rôle essentiel dans le développement des lymphocytes T CD4. En conclusion, notre étude dévoile un tout nouveau rôle de PSMB11 dans le développement des lymphocytes CD4 et CD8, soit l’orchestration de la transcription des gènes au sein des cTECs.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.000
metaresearch head score (Gemma)0.000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Bench or experimental · Consensus signal: Bench or experimental
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.004
Threshold uncertainty score0.012

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0000.000
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.000
Meta-epidemiology (broad)0.0000.000
Bibliometrics0.0000.000
Science and technology studies0.0000.000
Scholarly communication0.0010.001
Open science0.0000.000
Research integrity0.0010.001
Insufficient payload (model declined to judge)0.0040.001

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.013
GPT teacher head0.186
Teacher spread0.173 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designBench or experimental
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations0
Published2017
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