Bibliographic record
Abstract
Pour maintenir leurs intégrités, les cellules doivent continuellement moduler leurs programmes transcriptionnels selon les signaux environnementaux qu'elles perçoivent.Le contrôle de l'expression des gènes est un processus biologique complexe qui repose sur l'accessibilité de la chromatine aux facteurs de transcription et à l'ARN polymérase II (Pol II).Pour assurer un certain niveau d'accessibilité, la position des nucléosomes est finement régulée par des complexes protéiques.Certains utilisent l'hydrolyse de l'ATP pour altérer les liens histones-ADN tandis que d'autres mettent en jeux des modifications post-traductionnelles sur la queue N-terminale des histones.Les régions régulatrices distales, de type enhancer, capable de former des boucles chromatiniennes et de réguler l'activité d'un promoteur cible, à un moment précis, jouent également un rôle primordial dans l'établissement de programmes transcriptionnels spécifiques.Bien souvent, en situation pathologique, l'altération de ces mécanismes moléculaires et/ou épigénétiques va conduire à l'expression aberrante du programme transcriptionnel normal.Ainsi, une meilleure compréhension du processus de transcription et des mécanismes sous-jacents pourrait aboutir au développement de nouvelles avenues thérapeutiques.Dans ce cadre, l'objectif général de cette thèse est d'étudier la régulation de la transcription au locus ENPP2.ENPP2 est un gène impliqué dans le cancer, les pathologies immunes et les maladies cardiovasculaires.Si sa surexpression est clairement établie en situation pathologique, les mécanismes moléculaires sous-jacents restent à préciser.Dans un premier temps, dans les cellules HEK293T, nous avons montré que le promoteur du gène ENPP2 possède des caractéristiques épigénétiques très particulières, correspondantes à un promoteur bivalent.A l'état basal, la présence de marques d'histones activatrices H3K4me3 et répressives H3K27me3 a été détectée dans la région promotrice d'ENPP2, ainsi que le recrutement de l'ARN Polymérase II, bien que le gène soit non transcrit.Sous l'effet d'une stimulation au LPS, ENPP2 est induit via une signalisation NF-кB et la réduction de la marque H3K27me3 par l'histone déméthylase UTX/KDM6A.Simultanément, l'histone déméthylase JMJD3/KDM6B est recrutée au site d'initiation de la transcription (TSS), et dans le corps du gène contrôlant ainsi l'expression d'ENPP2 indépendamment de son activité enzymatique.Une analyse de l'interactome de JMJD3 par spectrométrie de masse a permis d'identifier l'ARN hélicase DDX21, connue pour limiter la formation des R-loops, comme un nouveau partenaire protéique de JMJD3.Nous proposons ici que la résolution des R-loops par DDX21, au locus ENPP2 favorise la synthèse de transcrits naissants.IV Dans un second temps, nous présentons des données suggérant qu'un enhancer distal participe à la régulation transcriptionnelle d'ENPP2 via la formation d'une boucle chromatinienne permettant l'enrichissement du complexe JMJD3-DDX21 au TSS d'ENPP2 et sa progression le long du corps du gène.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.001 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.003 | 0.001 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".