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Record W32653155 · doi:10.1016/j.jcjd.2020.03.013

HDAC function during chick neural tube development

2010· article· en· W32653155 on OpenAlexvenueno aff
Christina Murko

Bibliographic record

VenueCanadian Journal of Diabetes · 2010
Typearticle
Languageen
FieldBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
TopicHistone Deacetylase Inhibitors Research
Canadian institutionsnot available
Fundersnot available
KeywordsMolecular biologyBiology

Abstract

fetched live from OpenAlex

Epigenetische Mechanismen spielen wahrend der Embryonalentwicklung eine wichtige Rolle. Das Niveau der Azetylierung von Histonen wird durch die entgegengesetzte Wirkung von Histonazetyltransferasen (HATs) und Histondeazetylasen (HDACs) reguliert. Die Wirkung dieser Enzymfamilien beeinflusst die Zugangigkeit der DNA fur Transkriptionsfaktoren und sorgt damit fur eine dynamische Regulation der Transkription. In den letzten Jahren wurde sehr viel Information uber die repressive Wirkung von HDACs in unterschiedlichen Modellsystemen bekannt. In adultem Gewebe und in Zellkultur haben verschiedene HDACs redundante Funktionen. Knockout-Mause zeigten jedoch, dass jede Histondeazetylase wahrend der Embryonalentwicklung spezifische Funktionen ausubt. Uberraschenderweise ist jedoch wenig Information uber die genaue Expression dieser Faktoren wahrend der Mausentwicklung bekannt. Weiters sind die HDACs im Huhn bisher ganzlich uncharakterisiert. Aus diesem Grund fuhrten wir eine genaue Expressionsanalyse von Klasse I HDACs wahrend der fruhen Maus- und Huhnerembryogenese durch. Dabei zeigte sich eine sehr spezifische Expression fur die einzelnen Faktoren. Der Grosteil des Expressionsmusters ist konserviert zwischen Maus und Huhn. Fur gewisse Regionen stellten wir jedoch merkliche Unterschiede fest. Am auffalligsten war die spezifische Lokalisation von Hdac1 im posterioren offenen Neuralrohr des Huhnerembryos. Interessanterweise verschwindet diese Expression wahrend des Neuralrohrverschlusses. Zur naheren Untersuchung der Funktion von Hdac1 in diesem Bereich wurden Embryos in ovo mit den HDAC-Inhibitoren Trichostatin A (TSA) und MS275 behandelt. Weiters wurden Hdac1 und 2 spezifisch mittels RNA-Interferenz ausgeschaltet. Als Resultat dieser Versuche konnten wir diverse Neuralrohrverschlussstorungen feststellen, wobei der starkste Phanotyp nach TSA Behandlung auftrat. Weitere Analysen zeigten eine leichte Veranderung der Proliferations- und Apoptoseraten, ohne jedoch die Gesamtzellzahl zu verandern. Um festzustellen welche Gene durch HDAC-Inhibierung dereguliert wurden, untersuchten wir die Expression von diversen Markern mittels Real time PCR, RNA in situ Hybridisierung sowie Immunfarbung. Dabei entdeckten wir die meisten Veranderungen in der Expression von Genen, die fur die Entstehung der Neuralleistenzellen von Bedeutung sind, einhergehend mit einer Reduktion der N-Cadherin Expression im Neuralrohr. Unsere Daten zeigen, dass HDACs eine wichtige Rolle in der Regulation von Neuralleistenbildung und Neuralrohrverschluss spielen.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.000
metaresearch head score (Gemma)0.000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Bench or experimental · Consensus signal: Bench or experimental
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.005
Threshold uncertainty score0.011

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0000.000
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.000
Meta-epidemiology (broad)0.0000.000
Bibliometrics0.0000.000
Science and technology studies0.0000.000
Scholarly communication0.0010.000
Open science0.0000.000
Research integrity0.0010.001
Insufficient payload (model declined to judge)0.0030.001

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.006
GPT teacher head0.211
Teacher spread0.205 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designBench or experimental
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations0
Published2010
Admission routes1
Has abstractyes

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