Analyse de données et modèle pour l'étude de la chromatine, des G-quadruplexes et de la réparation de l'ADN
Why this work is in the frame
A frame that forgets how it found something cannot be audited. These are the routes that admitted this work.
Bibliographic record
Abstract
Les cassures double brin de l'ADN (DSB) sont des lésions délétères qui peuvent survenir sur le génome suite à une exposition à des agents génotoxiques, mais aussi de façon endogène, parmi lesquelles la formation de structures secondaires de l'ADN, telles que les G-quadruplexes (G4). Des méthodes computationnelles antérieures ont été développées pour prédire les G4 en fonction de motifs spécifiques, mais des approches récentes, basées sur le séquençage à haut débit ont permis d'identifier les G4 à l'échelle du génome. J'ai développé un nouveau modèle de Deep Learning pour prédire les régions G4 actives en utilisant les séquences d'ADN et l'accessibilité de la chromatine. En utilisant ce modèle, nous avons identifié de nouveaux motifs prédicteurs, y compris des facteurs de transcription connus qui pourraient réguler directement ou indirectement l'activité des G4. Nous avons également cartographié des milliers de régions G4 actives qui peuvent être utilisées dans le traitement du cancer pour identifier des cibles potentielles de médicaments récents à base de ligand-G4. De plus, une fois induites sur le génome, les DSB déclenchent des modifications locales de la chromatine, comme la phosphorylation du variant d'histone H2AX (gammaH2AX) par la kinase ATM, pour former des foyers de réparation à l'échelle du mégabase. Comment ces domaines sont formés pour permettre la signalisation rapide des DSB, et comment ces changements locaux de la chromatine sont gérés par la cellule n'est pas encore bien connu. Nous avons découvert que le recrutement des composants de réparation et la phosphorylation de H2AX sont régis par des domaines topologiques associatifs (TAD) préexistants. De plus, nous avons mis en évidence un processus d'extrusion de boucle unidirectionnel médié par le complexe de cohésine des deux côtés des DSB, ce qui permet la formation de foyers de réparation par ATM. Nous avons également découvert qu'à grande échelle, les DSB peuvent former un nouveau compartiment "D" de chromatine, composé de domaines de chromatine décorés par gH2AX, mais aussi de gènes de la réponse aux dommages à l'ADN (DDR), suggérant un rôle du regroupement des DSB dans l'activation de la DDR.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
Full frame distilled prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.
Codex and Gemma teacher scores by category
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.002 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.001 | 0.002 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.002 | 0.002 |
| Research integrity | 0.003 | 0.002 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it