Analyse de données et modèle pour l'étude de la chromatine, des G-quadruplexes et de la réparation de l'ADN
Notice bibliographique
Résumé
Les cassures double brin de l'ADN (DSB) sont des lésions délétères qui peuvent survenir sur le génome suite à une exposition à des agents génotoxiques, mais aussi de façon endogène, parmi lesquelles la formation de structures secondaires de l'ADN, telles que les G-quadruplexes (G4). Des méthodes computationnelles antérieures ont été développées pour prédire les G4 en fonction de motifs spécifiques, mais des approches récentes, basées sur le séquençage à haut débit ont permis d'identifier les G4 à l'échelle du génome. J'ai développé un nouveau modèle de Deep Learning pour prédire les régions G4 actives en utilisant les séquences d'ADN et l'accessibilité de la chromatine. En utilisant ce modèle, nous avons identifié de nouveaux motifs prédicteurs, y compris des facteurs de transcription connus qui pourraient réguler directement ou indirectement l'activité des G4. Nous avons également cartographié des milliers de régions G4 actives qui peuvent être utilisées dans le traitement du cancer pour identifier des cibles potentielles de médicaments récents à base de ligand-G4. De plus, une fois induites sur le génome, les DSB déclenchent des modifications locales de la chromatine, comme la phosphorylation du variant d'histone H2AX (gammaH2AX) par la kinase ATM, pour former des foyers de réparation à l'échelle du mégabase. Comment ces domaines sont formés pour permettre la signalisation rapide des DSB, et comment ces changements locaux de la chromatine sont gérés par la cellule n'est pas encore bien connu. Nous avons découvert que le recrutement des composants de réparation et la phosphorylation de H2AX sont régis par des domaines topologiques associatifs (TAD) préexistants. De plus, nous avons mis en évidence un processus d'extrusion de boucle unidirectionnel médié par le complexe de cohésine des deux côtés des DSB, ce qui permet la formation de foyers de réparation par ATM. Nous avons également découvert qu'à grande échelle, les DSB peuvent former un nouveau compartiment "D" de chromatine, composé de domaines de chromatine décorés par gH2AX, mais aussi de gènes de la réponse aux dommages à l'ADN (DDR), suggérant un rôle du regroupement des DSB dans l'activation de la DDR.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,003 | 0,002 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; les deux têtes enseignantes s’accordent sur ce qui est montré ici.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».