Genetic Comparison of Enterococcus Species Isolated from Osteomyelitis Lesions and the Barn Environment of Successive Broiler Chicken Flocks
Bibliographic record
Abstract
Comparación genética de especies de Enterococcus aisladas de lesiones de osteomielitis y el entorno de los gallineros de lotes sucesivos de pollos de engorde. La osteomielitis causada por Enterococcus cecorum es una enfermedad emergente en pollos de engorde en Canadá. Se han reportado otras especies de Enterococcus como agentes causales en ciertos brotes. La epidemiología de esta enfermedad es desconocida, pero las casetas contaminadas se ven afectadas por episodios recurrentes. Un lote de pollos de engorde ubicado en Quebec, Canadá, presentó lesiones de osteomielitis positivas para E. cecorum y Enterococcus faecalis. Sorprendentemente, el siguiente lote, en la misma caseta, reveló la presencia de lesiones positivas por E. faecalis y Enterococcus raffinosus, pero no por E. cecorum. Para entender mejor la epidemiología de estos dos brotes, verificar la persistencia de aislamientos patógenos en la caseta e identificar la posible transferencia de material genético entre las especies de Enterococcus aisladas de ambos eventos, se secuenciaron 16 aislamientos (1 de E. cecorum, 13 de E. faecalis y 2 de E. raffinosus) y se compararon sus genomas. Curiosamente, más de una especie de Enterococcus pudo aislarse de la misma lesión, mientras que otras lesiones también revelaron varios aislamientos no clonales de la misma especie. Esto podría sugerir la naturaleza oportunista de Enterococcus spp. ya que no había un aislamiento predominante en las lesiones. El número de genes de virulencia varió de 1 a 34 en tres especies de Enterococcus sin la presencia de un gene de virulencia común. El número y la naturaleza de los genes de resistencia a los antimicrobianos entre esos aislamientos fueron preocupantes porque indican la presencia de resistencia a múltiples fármacos en la granja. Tanto los plásmidos como los fagos fueron compartidos por diferentes especies de Enterococcus, lo que sugiere una posible transferencia horizontal de genes de elementos genéticos móviles dentro de esta población de enterococos.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".