Study of the transcription factor ATF5 in a background of HIV/SIV infection
Bibliographic record
Abstract
Le VIH est un rétrovirus enveloppé à ARN simple brin infectant notamment les lymphocytes T et les monocytes, et entrainant le Syndrome d'Immunodéficience Acquise (SIDA). L'infection par le VIH altère les fonctions des cellules, engendrant un stress. L'activation de la kinase PKR par l'ARN du VIH permet d'initier une des réponses au stress cellulaire, l'Integrated Stress Response (ISR). Les facteurs de transcription ATF4 et ATF5 sont deux paralogues dont la traduction peut être stimulée par l'ISR et ils pourraient être impliqués dans le contrôle du cycle viral. De manière intéressante, la littérature a démontré qu'ATF4 coopère avec la protéine virale Tat et se fixe sur le promoteur viral, favorisant ainsi la réplication du VIH. ATF5, pour sa part, semble induit dans plusieurs infections virales mais son rôle dans l'infection et la réplication du VIH est encore méconnu. Au cours de cette thèse, j'ai cherché à déterminer si ATF5 combattait l'infection par le VIH, ou favorisait sa réplication. Nos travaux montrent que les niveaux de transcrits d'ATF4 et ATF5 sont augmentés dans des lymphocytes T CD4 ainsi que dans des monocytes primaires humains infectés, mais pas dans le foie et les poumons de macaques rhésus infectés par le VIS, l'homologue simien du VIH. Contrairement à celui d'ATF5, le taux de transcrits d'ATF4 est également augmenté dans la rate de ces singes. De plus, le niveau d'ARNm de PKR est accru dans ces trois organes de singes infectés par rapport à des singes contrôles. Enfin, les expériences menées dans une lignée cellulaire humaine suggèrent d'une part, qu'une inhibition d'ATF5 entrainerait une diminution de la production virale, et d'autre part, que Tat et ATF5 coopèrent pour activer le promoteur du VIH. L'ISR, PKR et ATF5 pourraient donc participer au cycle du VIH en agissant a minima à un niveau transcriptionnel. Ces travaux soulignent l'importance d'ATF5 dans l'infection et la réplication du VIH et pourraient orienter les recherches de stratégies thérapeutiques vers le contrôle des voies de réponses au stress.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame distilled prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.
Codex and Gemma teacher scores by category
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one teacher head, not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".