Déchiffrer les exigences génétiques pour la diffusion de différents plasmides conjugatifs
Bibliographic record
Abstract
Les bactéries participent à des transferts horizontaux de gènes, leur permettant ainsi d’évoluer constamment, de s’adapter à diverses conditions et de coloniser de nouveaux environnements. Le processus de conjugaison, qui permet le transfert de plasmides entiers, est particulièrement important dans ce processus d’évolution. Les plasmides conjugatifs possèdent souvent une multitude de gènes de résistance aux antibiotiques qui compliquent le traitement d’infections bactériennes et posent un énorme problème de santé publique. Les mécanismes permettant la conjugaison sont bien connus. En revanche, le rôle des gènes chromosomiques présents chez la bactérie donneuse et la bactérie réceptrice lors du processus de conjugaison n’est pas bien compris. Nous avons donc établi un protocole de conjugaison à haut débit qui nous permet d’évaluer le transfert conjugatif de plus de 8 000 souches en une seule expérience. Ainsi, nous avons criblé l’ensemble de la collection Keio, comprenant toutes les délétions de gènes non-essentiels chez Escherichia coli, avec différents plasmides conjugatifs provenant de groupes d’incompatibilité distincts. Notre méthode nous a permis d’identifier des gènes ayant une incidence sur le transfert conjugatif autant chez la cellule donneuse que la cellule réceptrice et avec différents plasmides conjugatifs. Par exemple, nous avons identifié le lipopolysaccharide d’E. coli K12 chez la bactérie réceptrice et la formation de liens disulfures chez la donneuse comme étant importants pour le transfert du plasmide conjugatif TP114. Nous avons également identifié plusieurs gènes dont la délétion affecte la surface de la bactérie réceptrice et améliore le transfert du plasmide pOX38. Finalement, nos résultats ont mis en lumière la délétion du gène inaA qui augmente le transfert conjugatif de plusieurs plasmides. Ce projet de maîtrise permet donc une meilleure compréhension du processus de conjugaison pour plusieurs plasmides conjugatifs provenant de différents groupes d’incompatibilité.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.002 | 0.003 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.001 | 0.001 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.001 | 0.001 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.001 |
| Science and technology studies | 0.001 | 0.001 |
| Scholarly communication | 0.002 | 0.001 |
| Open science | 0.000 | 0.001 |
| Research integrity | 0.001 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.003 | 0.002 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".