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Record W7065958124

Étude métabolomique pour la découverte de nouveaux biomarqueurs pour la maladie de Gaucher de type 1 et méthode de dépistage urinaire populationnel de glycosaminoglycans

2022· dissertation· fr· W7065958124 on OpenAlexaboutno aff

Bibliographic record

VenueKnowledge UdeS (Institutional Deposit of the University of Sherbrooke) · 2022
Typedissertation
Languagefr
FieldPhysics and Astronomy
TopicLaser-Plasma Interactions and Diagnostics
Canadian institutionsnot available
Fundersnot available
KeywordsImmunopathologyGaucher's diseaseSjögren syndrome
DOInot available

Abstract

fetched live from OpenAlex

Première partie : La maladie de Gaucher est une maladie de surcharge lysosomale engendrée par une variation pathogénique au niveau du gène GBA, ce qui entraîne alors une dysfonction de l’enzyme glucocérébrosidase. Cette enzyme joue un rôle important au niveau du catabolisme du glucosylcéramide (Gb1). Ainsi, un défaut au niveau du fonctionnement de cette enzyme résulte généralement en une accumulation de glycolipides au niveau des lysosomes ce qui mène, dans certains cas, à d’importantes manifestations cliniques multisystémiques telles que des organomégalies, des cytopénies, différents types d’atteintes osseuses et, dans les cas les plus sévères de la maladie, soit les types 3 (forme intermédiaire) et type 2 (forme sévère), des atteintes neurologiques. Étant une maladie métabolique très hétérogène au niveau de la sévérité des atteintes, le génotype est souvent utilisé pour des fins de pronostic. Toutefois, il est fréquent que pour un même génotype, le phénotype puisse être très différent. Au niveau des biomarqueurs, le CCL18 ainsi que la chitotriosidase ont des limitations majeures en raison de polymorphisme populationnel, alors que le glucosylcéramide (Gb1) et le glucosylsphingosine (lyso-Gb1), bien qu’utiles pour le pronostic et le suivi des patients, offrent uniquement une image globale de la sévérité de la maladie, sans toutefois fournir d'informations sur les atteintes spécifiques et leur progression. L’hypothèse de départ est qu’il existe des biomarqueurs présents dans les liquides biologiques des patients atteints de la maladie de Gaucher de type 1 qui pourraient mieux corréler avec la sévérité et la progression de la maladie. Ainsi, dans le cadre de la présente étude, l’objectif principal consistait à réaliser une étude métabolomique par spectrométrie de masse à haute résolution dans le plasma et l’urine de patients Gaucher de type 1 afin d’identifier de nouveaux biomarqueurs. Ces études ont permis de détecter 21 biomarqueurs potentiels soit 7 dans le plasma et 14 dans l’urine. Des méthodes de quantification fiables et robustes par spectrométrie de masse en tandem ont été développées, puis validées afin d’étudier la distribution des biomarqueurs chez les patients. De plus, ces études quantitatives ont révélé des corrélations significatives entre certains biomarqueurs potentiels présents dans le plasma et des atteintes viscérales et hématologiques. Pour ce qui est des biomarqueurs potentiels retrouvés dans l’urine, des résultats préliminaires semblent indiquer une corrélation entre la présence des différents marqueurs et la sévérité de la maladie. Toutefois, une cohorte de patients plus diversifiée et plus large sera requise afin de bien comprendre les liens entre ces métabolites urinaires et les manifestations cliniques observées chez les patients Gaucher de type 1. Deuxième partie : Les mucopolysaccharidoses sont une classe de maladies lysosomales causées par un défaut des enzymes impliquées dans la dégradation des glycosaminoglycans. Ces perturbations dans le processus catalytique de ces macromolécules sont à l’origine d’une accumulation de substrats au niveau des lysosomes. Celles-ci alors entraîneront d’importantes atteintes multisystémiques, qui, dans certains cas, sont irréversibles. Des traitements comme la thérapie enzymatique de remplacement et la transplantation de cellules souches hématopoïétiques sont disponibles pour les patients atteints de MPS. Bien que ces traitements soient efficaces pour altérer la progression naturelle de la maladie, ils ne parviennent pas à guérir le patient. De nombreuses études ont démontré les bienfaits d’une prise en charge rapide et d’un traitement précoce. Malheureusement, au Québec, les MPS ne sont pas dépistées de manière systématique chez les nouveau-nés. Toutefois, avec le transfert technologique potentiel de l’analyse des biomarqueurs par chromatographie sur couche mince vers la spectrométrie de masse du Programme québécois de dépistage néonatal urinaire, il y a lieu de s’intérroger sur la possibilité d’inclure le dépistage des MPS pour les nouveau-nés à 21 jours de vie. Cela permettrait donc d’identifier les cas rapidement et d’adapter la prise en charge du patient. Ainsi, ce projet de recherche évaluative consistait à développer et à valider une méthode d’analyse des glycosaminoglycans dans le cadre d’un dépistage populationnel chez les nouveau-nés par la spectrométrie de masse en tandem. Une méthode d’une durée d’une minute permettant la quantification absolue de l’héparan sulfate, du dermatan sulfate et de la créatinine a été développée puis validée. Cette méthode, compatible avec la collecte d’échantillons d’urine sur papier filtre utilisée actuellement au Programme québécois de dépistage néonatal urinaire permet de dépister 5 différents types de MPS, soit la MPS I, II, III, VI et VII. L’analyse de 500 échantillons d’urine de nouveau-nés a permis de fixer les valeurs moyennes à 34,6 +/-6,2 et 17,3 +/-3,9 mg/mmol de créatinine pour l’héparan sulfate et le dermatan sulfate, respectivement. De plus l’analyse d’échantillons de patients atteints de MPS de différents âges a démontré que la méthode pourrait également être utilisée dans le cadre d’un dépistage à haut-risque.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame distilled prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. Learned from the 10,348 direct Codex labels and 10,348 direct Gemma labels. Candidate is the union of thresholded teacher heads; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels or direct frontier model labels.

metaresearch head score (Codex)0.001
metaresearch head score (Gemma)0.000
Version: codex-gemma-dda1882f352aValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesMeta-epidemiology (narrow)
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Observational · Consensus signal: none
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.488
Threshold uncertainty score1.000

Codex and Gemma teacher scores by category

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0010.000
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.001
Meta-epidemiology (broad)0.0000.001
Bibliometrics0.0000.000
Science and technology studies0.0010.000
Scholarly communication0.0000.000
Open science0.0010.000
Research integrity0.0000.001
Insufficient payload (model declined to judge)0.0010.000

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.014
GPT teacher head0.244
Teacher spread0.230 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one teacher head, not a consensus.

Study designObservational
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

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Citations0
Published2022
Admission routes1
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