Molecular study of the interaction between Clostridioides difficile bacteriophages and their host receptor, the surface protein SlpA
Bibliographic record
Abstract
L’émergence de souches bactériennes hypervirulentes de Clostridioides difficile, principale cause d’infections nosocomiales dans les pays industrialisés, souligne l’urgence de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques. Parmi celles-ci, la phagothérapie, reposant sur l’utilisation de bactériophages ciblant spécifiquement les bactéries, suscite un regain d’intérêt. Toutefois, son application chez C. difficile demeure limitée par notre compréhension incomplète des mécanismes moléculaires impliqués dans la reconnaissance de l’hôte par les phages. Ce travail de thèse vise à élucider les bases moléculaires de l’interaction entre les phages infectant C. difficile et leur récepteur bactérien, la protéine de surface SlpA (Surface Layer Protein A), composant majeur de la couche S. Dans une première étude, à l’aide de la souche épidémique R20291 et de son dérivé FM2.5, un mutant naturel n’exprimant pas slpA, nous avons montré que l’absence de SlpA confère une résistance complète à plusieurs phages, et que cette sensibilité peut être restaurée par la réintroduction de slpA via un plasmide. De plus, la complémentation de FM2.5 avec 12 isoformes différentes de slpA a révélé une spécificité d’interaction entre les isoformes et les phages testés. Dans le second volet, nous avons décidé d’identifier les régions du récepteur importantes pour la reconnaissance par les phages. Cette protéine est clivée en deux fragments: une sous-unité de haut poids moléculaire (HMW) ancrée à la surface cellulaire et une sous-unité de faible poids moléculaire (LMW) exposée à l’extérieur, divisé en deux domaines, D1 et D2. Nous avons généré des mutants ciblés, incluant des délétions complètes et partielles du domaine D2, des constructions chimériques entre isoformes, et des variants exprimant uniquement le fragment de HMW. L’étude des profils d’infection et d’adsorption a mis en évidence un rôle déterminant du domaine D2 dans la reconnaissance par certains phages. Les chimères ont montré que l’interaction nécessite généralement la combinaison isoforme-spécifique des deux fragments, suggérant une reconnaissance reposant sur des déterminants structuraux propres à chaque isoforme. Ces travaux améliorent la compréhension des interactions phages–SlpA de C. difficile et, plus largement, des interactions phage–couche S. Ils ouvrent la voie à la conception de cocktails à large spectre et de phages recombinants ciblant des souches réfractaires, pour développer des thérapies personnalisées contre les infections récidivantes.
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.001 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".