Functional characterization of germline SMG1 mutations associated with pancreatic ductal adenocarcinoma.
Bibliographic record
Abstract
L'adénocarcinome canalaire pancréatique (ADP) est la troisième plus importante cause de décès associée au cancer au Canada. Considérant que le risque génétique et familial est à l'origine d’environ 10% des ADP, une surveillance permettant la détection précoce du cancer chez les personnes à risque pourrait réduire les taux de mortalité causés par cette maladie. Toutefois, les stratégies de surveillance instrumentalisant des gènes de susceptibilité sont encore imparfaites étant donné notre connaissance très limitée des gènes impliqués dans la prédisposition au développement de l’ADP familial. Par conséquent, il apparaît nécessaire de mieux définir les causes héréditaires pouvant expliquer la présence d’ADP familiaux ne pouvant pas être associés à des gènes de prédisposition déjà identifiés. Une précédente étude d'association génétique régionale cas-contrôle publiée par notre laboratoire a montré que des variants faux-sens du gène SMG1 agissent comme nouveaux facteurs de prédisposition à l’ADP familial. J'ai émis l'hypothèse que SMG1 agit comme un suppresseur de tumeur dans l’ADP et que la réduction de son activité, causée par les mutations faux-sens identifiées dans notre étude précédente, confère une prédisposition à l’ADP. L'objectif de ce projet était de générer des lignées cellulaires portant les mutations faux-sens décrites par Wong et al. et de caractériser ces lignées cellulaires afin de disséquer les fonctions de SMG1. Des lignées cellulaires HEK293T portant la mutation faux-sens c.10921A>G SMG1 ont été générées en utilisant l'édition génétique par CRISPR. Les lignées cellulaires SMG1 c.10921A>G ont présenté une augmentation de la migration, une diminution de la prolifération, une diminution de la dégradation des ARNm non-sens ainsi qu’une réduction de la survie suivant l’exposition aux rayonnements ionisants (IR). Nos résultats suggèrent que le variant SMG1 c.10921A>G présente une activité fonctionnelle altérée qui pourrait contribuer à la prédisposition à l’ADP. La validation in vivo de l'activité fonctionnelle de SMG1 c.10921A>G et la caractérisation d'autres variants de SMG1 associés à l’ADP sont nécessaires afin de mieux décrire et cimenter notre compréhension du rôle de SMG1 dans la prédisposition à l’ADP
Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.
How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.001 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.000 | 0.000 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.000 | 0.000 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".