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Record W7161894174 · doi:10.82308/44028

The novel functions of the SARS CoV-2 accessory protein ORF8

2022· dissertation· en· W7161894174 on OpenAlexaboutno aff
Myles McLean

Bibliographic record

Venuenot available
Typedissertation
Languageen
FieldMedicine
TopicSARS-CoV-2 and COVID-19 Research
Canadian institutionsnot available
Fundersnot available
KeywordsPopulationSevere acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2)Coronavirus disease 2019 (COVID-19)Human immunodeficiency virus (HIV)Coronavirus

Abstract

fetched live from OpenAlex

Resumé:En Décembre 2019, un nouveau Coronavirus a été découvert dans la ville de Wuhan, dans la province Chinoise du Hubei, qui s'est propagé de manière incontrôlable, résultant dans la pandémie mondiale de COVID 19. Plus de 2 ans après le début de la pandémie, et près de 3,5 millions de cas positifs au Canada, dont près de 500 millions de cas dans le monde entraînant plus de 6 millions de décès. Le déploiement de plusieurs vaccins efficaces a été un effort mondial considérable et un symbole d'espoir pour la fin de la pandémie. Cependant, la logistique de la vaccination de la population mondiale et l'émergence de multiples variants du SRAS CoV-2 préoccupants échappant à l'immunité médiée par le vaccin présentent un défi pour un retour à la normale. Des questions fondamentales concernant la pathogenèse du SRAS CoV- 2 et le fonctionnement des gènes accessoires situés en 3' demeurent. Dans le contexte du SRAS CoV original, des protéines telles que ORF3a et ORF6 fonctionnent pour promouvoir l'apoptose et antagoniser l'immunité innée et la production d'IFN de type I respectivement. Certains de ces phénotypes ont été confirmés pour les analogues du SRAS CoV-2 de ces protéines du SRAS CoV, avec de nouvelles fonctions également découvertes. Il a été démontré que l'ORF8 du SRAS CoV- 2 régulait fortement à la baisse l'expression du CMH-I, limitant les capacités de présentation de l'antigène. Dans l'étude actuelle, nous demandons de caractériser davantage les fonctions de certaines des protéines accessoires du SRAS CoV-2, y compris ORF8, qui ont été impliquées dans l'interférence dans les voies de l'hôte telles que la réponse au stress du RE cellulaire et la régulation du contrôle de la traduction pendant l'infection. Cette intersection entre ORF8 et le régulateur de traduction clé EIF2a pourrait mettre en lumière un nouveau mécanisme que le SRAS CoV-2 utilise pour subvertir la reconnaissance immunitaire. Les connaissances sur la fonction des protéines accessoires du SRAS CoV-2 devraient s'avérer inestimables pour comprendre la pathogenèse du SRAS CoV-2 et améliorer notre compréhension de la biologie du coronavirus en vue de futures épidémies

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.000
metaresearch head score (Gemma)0.000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Bench or experimental · Consensus signal: Bench or experimental
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.002
Threshold uncertainty score0.008

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0000.000
Meta-epidemiology (narrow)0.0010.000
Meta-epidemiology (broad)0.0000.001
Bibliometrics0.0000.000
Science and technology studies0.0000.001
Scholarly communication0.0010.001
Open science0.0000.000
Research integrity0.0010.001
Insufficient payload (model declined to judge)0.0020.001

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.065
GPT teacher head0.387
Teacher spread0.322 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designBench or experimental
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations0
Published2022
Admission routes1
Has abstractyes

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