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Record W7162111802 · doi:10.82308/43059

Molecular mechanisms underlying the pathogenesis of Leigh Syndrome French Canadian

2019· dissertation· en· W7162111802 on OpenAlexaboutno aff
Shamisa Honarmand

Bibliographic record

Venuenot available
Typedissertation
Languageen
FieldBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
TopicMitochondrial Function and Pathology
Canadian institutionsnot available
Fundersnot available
KeywordsPentatricopeptide repeatMitochondrial DNAAnimal modelMutation

Abstract

fetched live from OpenAlex

Des mitochondries pleinement fonctionnelles sont essentielles au maintien de la physiologie cellulaire, notamment grâce à la génération d'ATP par la voie de la phosphorylation oxydative. Une dysfonction mitochondriale peut être à l'origine de certaines maladies neurodégénératives telles que le syndrome de Leigh franco-canadien (LSFC), un trouble précoce autosomique récessif répandu dans une région du nord du Québec, le Saguenay Lac-Saint-Jean. Le gène responsable, situé sur le chromosome 2, code pour la protéine mitochondriale LRPPRC, riche en leucine et motif pentatricopeptide (PPR). La fonction exacte de LRPPRC reste à être élucidée. Cependant, des études in vivo révèlent que LRPPRC forme un complexe avec la protéine de liaison à l'ARN SLIRP, et que ce complexe est nécessaire à la stabilité de l'ARNm mitochondrial. Il est intéressant de constater qu'il existe une forte hétérogénéité du déficit mitochondrial selon les tissus, c'est ce que nous avons observé chez un patient porteur de la mutation de novo (p. A354V).Cette thèse porte sur l'étude de la fonction mitochondriale chez des souris invalidées pour le gène LRPPRC au niveau hépatique. Nous avons démontré que la perte de LRPPRC entraîne un retard de croissance généralisé et des caractéristiques histologiques typiques d'une l'hépato-pathie mitochondriale. Au niveau moléculaire, l'absence LRPPRC entraîne la déstabilisation d'un certain nombre d'ARNm mitochondriaux polyadénylés et un défaut d'assemblage des complexes IV et V de la chaine respiratoire. On observe également une altération de l'oxydation des acides gras à longue chaîne, une dérégulation de la perméabilité mitochondriale et une altération de la diffusion transmembranaire de H2O2. Ceci pouvant être due à un défaut d'assemblage du complexe V et/ou des modifications de la composition lipidique des membranes mitochondriales. Deuxièmement, nous avons montré que la longueur des extensions de polyA de certains ARNm mitochondriaux varie dans les tissus humains et que LRPPRC joue un rôle important dans leur stabilisation. Afin d'étudier les mécanismes physiopathologiques en jeu dans le LSFC et les partenaires fonctionnels de LRPPRC, nous avons généré des lignées cellulaires HEK293 sur-exprimant les formes sauvage ou mutées (p. A354V et p. Y172C) de LRPPRC, en fusion avec l'enzyme biotin ligase BirA. Tout d'abord, les variantes pathogènes de LRPPRC ont une demi-vie réduite et s'accumulent sous forme de foci au sein des mitochondries. Ils sont correctement localisés dans la matrice mitochondriale et forment un complexe avec SLIRP. Cependant, l'analyse de leurs partenaires en BioID montre que les variantes interagissent spécifiquement avec la protéine CLPB, une chaperonne mitochondriale AAA ATPase localisée dans l'espace inter-membranaire mitochondrial. Ces résultats suggèrent donc que des mutations faux-sens dans LRPPRC entraînent la production de protéines instables nécessitant l'activité d'une chaperonne pour les cibler correctement dans la matrice mitochondriale, expliquant les niveaux réduits de protéine LRPPRC dans les tissus des patients LSFC.

Fetched live from OpenAlex and de-inverted. Abstracts are not stored in this database: the inverted indexes are 8.6 GB of the frame’s 9.3 GB of text, and the host has 13 GB free.

How this classification was reachedexpand

Full frame machine prediction

Teacher imitation

Not calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.

metaresearch head score (Codex)0.000
metaresearch head score (Gemma)0.001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cValidation status: machine_predicted_unvalidated
Candidate categoriesnone
Consensus categoriesnone
DomainCandidate signal: none · Consensus signal: none
Study designCandidate signal: Bench or experimental · Consensus signal: Bench or experimental
GenreCandidate signal: Empirical · Consensus signal: Empirical
Teacher disagreement score0.747
Threshold uncertainty score0.503

Distilled classifier scores by category (both heads)

CategoryCodexGemma
Metaresearch0.0000.001
Meta-epidemiology (narrow)0.0000.000
Meta-epidemiology (broad)0.0000.000
Bibliometrics0.0020.001
Science and technology studies0.0010.001
Scholarly communication0.0000.000
Open science0.0000.000
Research integrity0.0000.000
Insufficient payload (model declined to judge)0.0080.000

Machine scores (provisional)

The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.

Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.

Opus teacher head0.013
GPT teacher head0.243
Teacher spread0.229 · how far apart the two teachers sit on this one work
Validation statusscore_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from it

Classification

machine, unvalidated

Machine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.

The models applied no category: nothing in the taxonomy fit this work.
Study designBench or experimental
Domainnot available
GenreEmpirical

How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".

Quick stats

Citations0
Published2019
Admission routes1
Has abstractyes

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