The association between «Pseudomonas aeruginosa» and «Staphylococcus aureus» airway infections and clinical status in adult cystic fibrosis patients
Bibliographic record
Abstract
CONTEXTE: Pseudomonas aeruginosa (PA) et Staphylococcus aureus (SA) sont les bactéries les plus communes qui infectent les poumons de patients souffrant de la fibrose kystique (FK). PA infecte 60% des patients adultes et provoque de l'inflammation et endommage les voies respiratoires, ce qui résulte en un déclin de la fonction pulmonaire et une augmentation du taux de mortalité. SA infecte jusqu'à 30% des patients FK, mais son rôle dans la pathogenèse du poumon n'est pas encore comprise. Les infections polymicrobiennes sont communes dans la FK, mais l'effet de leurs interactions sur la maladie pulmonaire n'a pas encore été élucidé. Des résultats contradictoires ont montré que la co-infection avec PA et SA résulte en une augmentation de l'inflammation pulmonaire chez les jeunes enfants, mais les patients co-infectés ont aussi une meilleure fonction pulmonaire et moins d'exacerbations que ceux qui ont une infection avec PA seulement. L'objectif de notre étude était d'évaluer l'impact des infections PA et SA sur la fonction pulmonaire (VEMS %) et la fréquence d'exacerbations chez les patients adultes FK, ainsi que leur score clinique et leur statut inflammatoire à l'aide du biomarqueur protéine C-réactive (PCR). MÉTHODES: Patients adultes FK suivis à la clinique FK de l'Institut thoracique de Montréal en Janvier 2012 ont été inclus dans 2 études de cohortes rétrospectives: une étude transversale et une étude longitudinale. Les données ont été extraites de la base de données clinique et des dossiers médicaux. Les données transversales ont été recueillies lors d'une visite de référence pendant un état clinique stable. Les patients ont été regroupés dans 1 des 4 groupes de statut d'infection: PA seulement, co-infection PA+SA, SA seulement, et ni PA ni SA. ANOVA et t-test ont été utilisés pour la comparaison transversale entre les groupes et sous-groupes. Nous avons modélisé des corrélations transversales entre le statut d'infection et le VEMS%, la fréquence d'exacerbations, le score clinique, et la PCR, et nous avons modélisé les associations longitudinales entre le statut d'infection et le VEMS%, la fréquence d'exacerbations, et le score clinique. RÉSULTATS: Notre étude transversale était composée de 84 patients. Après ajustement pour l'âge et le sexe des patients, nous avons trouvé les associations suivantes comparativement à l'infection avec PA seulement: les patients avec ni infection avaient un taux d'exacerbations réduit (p <0.01), un meilleure score clinique (p <0.05), et une réduction de PCR (p <0.01); infection avec SA seulement a été associé à un taux d'exacerbations réduit (p <0.001) et une réduction de PCR (p <0.05). Aucune association entre le statut de l'infection et VEMS% ont été observées.Notre étude longitudinale était composée de 88 patients. Après ajustement pour l'âge et le sexe, nous avons trouvé les associations suivantes comparativement à l'infection avec PA seulement: infection avec ni SA ni PA a été associée avec une meilleure moyenne annuelle du VEMS % (p <0.05), et un score clinique plus élevé (p <0.0001); co-infection avec PA+SA a été associée à un taux réduit d'exacerbations (p <0.05), et un score clinique plus élevé (p <0.0001). CONCLUSIONS: Nous avons effectué 2 études avec le but d'explorer la relation entre les infections de PA et SA et les résultats cliniques chez les patients adultes FK. Les résultats de notre étude transversale appuyent le fait que l'infection à PA est associé à une maladie plus grave, mais nos résultats n'ont pas montré de différence significative entre PA seulement et co-infection avec PA+SA. Notre étude longitudinale a révélé que les patients co-infectés avaient une maladie plus bénigne que les patients infectés par le PA seulement, comme l'indique la fréquence d'exacerbations et le score clinique. Des études de cohortes plus grandes seront nécessaires pour consolider l'impact de co-infection avec PA+SA sur la FK.
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How this classification was reachedexpand
Full frame machine prediction
Teacher imitationNot calibrated prevalence, not ground truth. Human validation pending. The Gemma side is a direct model label for every work in the frame, read from the title-only record. The Codex side is a classifier learned from the 10,348 direct Codex labels and calibrated to design-weighted sample rates; fields without enough sample support carry no Codex call. Candidate is the union of the two sides; consensus is their intersection. These outputs are machine_predicted_unvalidated and are not human labels.
Distilled classifier scores by category (both heads)
| Category | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Metaresearch | 0.001 | 0.003 |
| Meta-epidemiology (narrow) | 0.000 | 0.000 |
| Meta-epidemiology (broad) | 0.000 | 0.000 |
| Bibliometrics | 0.000 | 0.000 |
| Science and technology studies | 0.000 | 0.000 |
| Scholarly communication | 0.001 | 0.001 |
| Open science | 0.000 | 0.000 |
| Research integrity | 0.001 | 0.001 |
| Insufficient payload (model declined to judge) | 0.002 | 0.000 |
Machine scores (provisional)
The two teacher heads of the student model, read on this work. A score orders the frame for review; it never asserts a category, and the validation status ships verbatim with every row.
Baseline scores from an immature model (maturity gate not passed, 7 training rounds). Scores rank; they never assert a category.
score_only:v0-immature-baseline · verbatim from the scoring run: score_only means the number may rank works, and no category label ships from itClassification
machine, unvalidatedMachine predicted; a candidate call from one source (direct Gemma or distilled Codex), not a consensus.
How this classification was reached, model by model and score by score, is at the end of the page under "How this classification was reached".