Degradation of Ndd1 by APC/CCdh1 generates a feed forward loop that times mitotic protein accumulation
Notice bibliographique
Résumé
Ndd1 activates the Mcm1–Fkh2 transcription factor to transcribe mitotic regulators. The anaphase-promoting complex/cyclosome activated by Cdh1 (APC/CCdh1) mediates the degradation of proteins throughout G1. Here we show that the APC/CCdh1 ubiquitinates Ndd1 and mediates its degradation, and that APC/CCdh1 activity suppresses accumulation of Ndd1 targets. We confirm putative Ndd1 targets and identify novel ones, many of them APC/CCdh1 substrates. The APC/CCdh1 thus regulates these proteins in a dual manner—both pretranscriptionally and post-translationally, forming a multi-layered feedforward loop (FFL). We predict by mathematical modelling and verify experimentally that this FFL introduces a lag between APC/CCdh1 inactivation at the end of G1 and accumulation of genes transcribed by Ndd1 in G2. This regulation generates two classes of APC/CCdh1 substrates, early ones that accumulate in S and late ones that accumulate in G2. Our results show how the dual state APC/CCdh1 activity is converted into multiple outputs by interactions between its substrates. Ndd1 activates the transcription of mitotic regulators. Here the authors show that the ubiquitin ligase complex APC/CCdh1ubiquitinates Ndd1 as well as Ndd1 target genes, creating a feedforward loop that generates an early class of substrates that accumulate at S phase and a late class that accumulate at G2.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».