Comment on “Acquiring DNA sequence data from dried archival red algae (Florideophyceae) for the purpose of applying available names to contemporary genetic species: a critical assessment” <sup>1</sup>Appears in Botany <b>90</b>(3): 191–203. doi:10.1139/b11-079.
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
Saunders and McDevit recently reported their efforts to extract and amplify DNA by PCR in successively older red algal (Rhodophyta) herbarium specimens. They found that recent collections (4-11 years old) readily amplified but that archival material (decades to a century old) yielded contamination problems, diminished success correlated with age, or failed to amplify. As a solution, they proposed that epitypes be designated based on contemporary sequenced specimens. In response, we extracted and amplified in independent laboratories three loci (COI, ITS2, and rbcL) from the same 1836 Sparlingia pertusa specimen that Saunders and McDevit were unable to amplify. The use of Q-solution enhanced amplification success and likely is partly responsible for our achievements with archival specimens. These findings, along with data from the last 13 years in which we have sequenced over 100 historical and type specimens, indicate that with proper controls, amplifying DNA from red algal herbarium specimens of any age is practical and reproducible. The designation of contemporary epitypes should be a last resort, not an alternative to sequencing type material, and must be done with an understanding of the historical record of the species.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle