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Enregistrement W1960248417 · doi:10.1002/cbic.201500402

Biosynthesis of the Fluorinated Natural Product Nucleocidin in <i>Streptomyces calvus</i> Is Dependent on the <i>bldA</i>‐Specified Leu‐tRNA<sup>UUA</sup> Molecule

2015· article· en· W1960248417 sur OpenAlexafffund
Xi Ming Zhu, Stefanie Hackl, Maulik Thaker, Lindsay Kalan, Claudia Weber, Dagmar S. Urgast, Eva M. Krupp, Alyssa Brewer, Stephanie Vanner, Anjuli Szawiola, Grace Yim, Jörg Feldmann, Andreas Bechthold, Gerard D. Wright, David L. Zechel

Notice bibliographique

RevueChemBioChem · 2015
Typearticle
Langueen
DomainePharmacology, Toxicology and Pharmaceutics
ThématiqueFluorine in Organic Chemistry
Établissements canadiensMcMaster UniversityQueen's University
Organismes subventionnairesErasmus+Natural Sciences and Engineering Research Council of CanadaDeutsche ForschungsgemeinschaftFonds Erasme
Mots-clésChemistryStereochemistryMoietyGene clusterNuclear magnetic resonance spectroscopyBiosynthesisStreptomycesComplementationMoleculeSmall moleculeNatural productGeneBiochemistryOrganic chemistryBiologyGeneticsBacteria

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Nucleocidin is one of the very few natural products known to contain fluorine. Mysteriously, the nucleocidin producer Streptomyces calvus ATCC 13382 has not been observed to synthesize the compound since its discovery in 1956. Here, we report that complementation of S. calvus ATCC 13382 with a functional bldA-encoded Leu-tRNA(UUA) molecule restores the production of nucleocidin. Nucleocidin was detected in culture extracts by (19) F NMR spectroscopy, HPLC-ESI-MS, and HPLC-continuum source molecular absorption spectroscopy for fluorine-specific detection. The molecule was purified from a large-scale culture and definitively characterized by NMR spectroscopy and high-resolution MS. The nucleocidin biosynthetic gene cluster was identified by the presence of genes encoding the 5'-O-sulfamate moiety and confirmed by gene disruption. Two of the genes within the nucleocidin biosynthetic gene cluster contain TTA codons, thus explaining the dependence on bldA and resolving a 60-year-old mystery.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,047
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0010,000
Intégrité de la recherche0,0000,002
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,084
Tête enseignante GPT0,347
Écart entre enseignants0,263 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations54
Publié2015
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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