Multiple T-cell epitopes overlap positively-selected residues in the p1 spacer protein of HIV-1 gag
Notice bibliographique
Résumé
OBJECTIVES: The p1 region of HIV-1 gag contains the frameshift stem-loop, gag-pol transframe and a protease cleavage site that are crucial for viral assembly, replication and infectivity. Identifying and characterizing CD8+ epitopes that are under host immune selection in this region will help in designing effective vaccines for HIV-1. DESIGN: An approach combining bioinformatical analysis and interferon gamma enzyme-linked immunosorbent spot (ELISPOT) assays is used to identify and characterize the epitopes. Potential human leukocyte antigen (HLA)-restricted epitopes were identified by correlating the positively-selected mutations with host HLA alleles. METHODS: ELISPOT analysis with overlapping peptides was used to confirm and characterize the epitopes. RESULTS: Four positively-selected residues were significantly associated with HLA class I alleles, including HLA B*1302 (K4R, P = 0.0008 and I5L, P = 0.0108), A*7401 (S9N, P = 0.0002) and A*30 genotypes (P7S, P = 0.009), suggesting epitopes restricted by these alleles are present in this region. ELISPOT analysis with patient peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) identified seven novel epitopes restricted by the 3 alleles. Two types of epitopes were observed in this region based on the ELISPOT responses, Type I: the positively-selected variation does not affect CD8+ T-cell responses; and Type II: the CD8+ T-cell responses are determined by the epitope variants. CONCLUSION: We identified and characterized seven novel CD8+ epitopes in the p1 spacer protein region. Classifying the effects of positively-selected variants on CD8+ T-cell responses will help in designing effective vaccines for HIV-1.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».