Calpain Activation by Cooperative Ca2+ Binding at Two Non-EF-hand Sites
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The active site residues in calpain are mis-aligned in the apo, Ca(2+)-free form. Alignment for catalysis requires binding of Ca2+ to two non-EF-hand sites, one in each of the core domains I and II. Using domain swap constructs between the protease cores of the mu and m isoforms (which have different Ca2+ requirements) and structural and biochemical characterization of site-directed mutants, we have deduced the order of Ca2+ binding and the basis of the cooperativity between the two sites. Ca2+ binds first to the partially preformed site in domain I. Knockout of this site through D106A substitution eliminates binding to this domain as shown by the crystal structure of D106A muI-II. However, at elevated Ca2+ concentrations this mutant still forms the double salt bridge that links the two Ca2+ sites and becomes nearly as active as muI-II. Elimination of the bridge in E333A muI-II has a more drastic effect on enzyme action, especially at low Ca2+ concentrations. Domain II Ca2+ binding appears essential, because Ca(2+)-coordinating side-chain mutants E302R and D333A have severely impaired muI-II activation and activity. The introduction of mutations into the whole heterodimeric enzyme that eliminate the salt bridge or Ca2+ binding to domain II produce similar phenotypes, suggesting that the protease core Ca2+ switch is crucial and cannot be overridden by Ca2+ binding to other domains.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle