Metal-Selective DNA-Binding Response of <i>Escherichia coli</i> NikR
Notice bibliographique
Résumé
The NikR transcription factor from Escherichia coli is a Ni(II)-dependent repressor that regulates production of the nickel ion transporter encoded by the nik operon. In the previous paper in this issue (Wang, S. C., Dias, A., Bloom, S. L., and Zamble, D. B. (2004) Selectivity of Metal Binding and Metal-Induced Stability of Escherichia coli NikR, Biochemistry 43, 10018-10028) we demonstrated that NikR can bind 1 equiv of Ni(II) or several other divalent transition metals with similar affinities, but that the Ni(II)-loaded protein is less susceptible to thermal or chemical denaturation than other divalent metal complexes. Here, we investigate the metal selectivity of the DNA-binding activity of NikR. Stoichiometric nickel induces binding of nanomolar NikR to the recognition sequence in the nik promoter, but single equivalents of other divalent metals such as Cd(II), Co(II), and Cu(II) also induce a similar DNA-binding affinity. In the presence of excess nickel, DNA-binding experiments indicate that NikR binds to the nik promoter as a tetramer with much higher affinity (20 pM), and it is this response that is selective for nickel. The DNA binding induced by an excess of other divalent metals is weaker, and is enhanced by the addition of stoichiometric nickel. Nickel titrations into a DNA-binding assay reveal a nickel affinity of 30 nM for a second metal-binding site, and in the presence of 30 nM metal only nickel induces detectable DNA binding by Ni(II)-NikR. These experiments support the hypothesis that there are two metal-binding sites and that both contribute to the nickel-selective DNA-binding response. A model for the in vivo activity of NikR is discussed.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».