FTIR Spectroscopy of the K Photointermediate of <i>Neurospora</i> Rhodopsin: Structural Changes of the Retinal, Protein, and Water Molecules after Photoisomerization
Notice bibliographique
Résumé
Neurospora rhodopsin (NR, also known as NOP-1) is the first rhodopsin of the haloarchaeal type found in eucaryotes. NR demonstrates a very high degree of conservation of the amino acids that constitute the proton-conducting pathway in bacteriorhodopsin (BR), a light-driven proton pump of archaea. Nevertheless, NR does not appear to pump protons, suggesting the absence of the reprotonation switch that is necessary for the active transport. The photocycle of NR is much slower than that of BR, similar to the case of pharaonis phoborhodopsin (ppR), an archaeal photosensory protein. The functional and photochemical differences between NR and BR should be explained in the structural context. In this paper, we studied the structural changes of NR following retinal photoisomerization by means of low-temperature Fourier transform infrared (FTIR) spectroscopy and compared the obtained spectra with those for BR. For the spectroscopic analysis, we established the light-adaptation procedure for NR reconstituted into 1,2-dimyristoyl-sn-glycero- 3-phosphocholine/1,2-dimyristoyl-sn-glycero-3-phosphate (DMPC/DMPA) liposomes, which takes approximately 2 orders of magnitudes longer than in BR. The structure of the retinal chromophore and the hydrogen-bonding strength of the Schiff base in NR are similar to those in BR. Unique spectral features are observed for the S-H stretching vibrations of cysteine and amide-I vibrations for NR before and after retinal isomerization. In NR, there are no spectral changes assignable to the amide bands of alpha helices. The most prominent difference between NR and BR was seen for the water O-D stretching vibrations (measured in D(2)O). Unlike for haloarchaeal rhodopsins such as BR and ppR, no O-D stretches of water under strong hydrogen-bonded conditions (<2400 cm(-1)) were observed in the NR(K) minus NR difference spectra. This suggests a unique hydrogen-bonded network of the Schiff base region, which may be responsible for the lack of the reprotonation switch in NR.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».